机构　江南制造局主管和决策人称督办，不驻局，多由两江总督暨南洋大臣兼任，亦有江苏巡抚、直隶总督暨北洋大臣、湖广总督等兼任。首任督办李鸿章，晚清著名朝臣曾国藩、曾国荃、左宗棠、张之洞、刘坤一、沈葆桢、袁世凯等均兼任过。局务实际主持者称总办，道台衔，多由上海道兼任，首任总办丁日昌；民国以后称总理，上海著名商绅李平书曾任。协助总办的有会办和襄办，负责全局调度的称提调，著名科学家华蘅芳、徐寿、徐建寅及李平书均任过提调。各部门负责人称委员。技术主持人多聘外籍技师，称总管。原旗记铁厂业主、美籍技师科尔，于建局初期掌技术大权甚久。分厂厂长亦多外籍技师，如炮厂厂长先后为英籍约翰·柯温、麦金泉、唐克尼虚等，轮船厂厂长为英籍裴兰，栗色和无烟火药厂厂长、化验师均为德籍。

1904年江南制造局局本部管理机构一览表

部门	职司	职称	小计	人数
合计	9处			133
公务厅	总办公机构	总办	3	1
		会办		1
		提　调		1
文案处	办理公文案件	委　员	22	4
		司　事		14
		贴　写		4
报销处	分年按照收支银 钱工料造册报部	委员	12	2
		司事		10
支应处	收发款项发给各 厂工匠役工食	委员	6	2
		司事		4
议价处	估核物料价组	随时遴选
考工处	稽核全厂工作	委员	5	3
		司事		2
储物处	采办收发物料器具	委员	14	4
		司事		8
		长夫		2
军火处	收发本局制造及 购自外洋并寄存 各项军火	委员	55	22
		司事		4
		工头及小工		29
松江药库	存储各种子药	委员	16	1
		司事		1
		小工		4
		护勇		10

管理模式　实行封建军事官僚型管理。总局大门左右高树“肃静”、“回避”虎头牌，4名守卫兵丁身后两排械座，插满刀枪矛。局公务厅和分厂办公所门口，也悬有虎头牌与军棍。工人稍有犯规，即以军棍惩处。

光绪三十年，非生产性人员648人，为生产人员25％，尚不含挂名支薪者。官员多无近代科技和企业管理知识，或争权谋利，不思实事，甚至妨贤害能，结党拉派；或随波逐流，不求进取，生产不计成本，原料零部件滥购滥领，供销议价先佣金再及正价。据经济史专家估算，生产成本高于国外定购价。其腐败状况，小说《官场现形记》和《二十年目睹之怪现状》中，均有形象描绘。

产品出路　军火船只均由清政府无偿调拨南、北洋系军队和各地兵工厂，使用单位七八十家。因质量欠佳，有关单位不愿提用，库内积压颇多。唯钢材，除自用和部分供其他兵工厂外，余数投放上海市场，其质优良，深受厂商佳誉。

经费　开办扩充经费由户部拨给。同治七年，曾国藩奏拨江海关洋税二成为常年经费，其中一成为造船专款，该拨款占江南制造局历年支出55.7～98.5％。出售钢材、承接各省额外订货与修船，所得收入约占支出12.3％。支出主要用于购买原料。光绪十六年后，钢材、火药自给，煤为国产，其余购自国外，年均付洋行代办定银四五十万两，最高时为96.9万两。同治六年至光绪三十年，仅国外采购原料一项1476.8万两，占总支出53.44％。