1966年6月，全区开展“文化大革命”。区委向鲁班中学等派遣工作组领导“文化大革命”运动，后被作为资产阶级反动路线遭到批判。10月起，造反组织纷纷成立，区委机关被冲击。至12月下旬，各级党组织陷于瘫痪，组织生活停止。1967年1月，区委及其所属部门被“造反派”夺权，领导干部普遍受到批判和揪斗。4月，区革命委员会成立。年底开始“清理阶级队伍”，许多干部和知识分子遭受迫害。各单位出现派性斗争和无政府主义，甚至发生武斗事件。87％的机关干部被集中到区“五七”干校劳动，后又以“四个面向”为名下放。1968年下半年，由解放军和工人组成的“毛泽东思想宣传队”（简称“军宣队”和“工宣队”）相继进驻区机关、中小学及其他上层建筑单位。1969年11月，成立区党的核心小组。1971年，建立新的区委。军宣队、工宣队和新建的区委推行极“左”路线，打击迫害老干部，开展“清理阶级队伍”和“一打三反”（打击现行反革命、反对贪污、反对投机倒把、反对铺张浪费）运动。1971年底起，学习有关批判林彪反革命集团的文件，开展批修整风。1974年，开展“批林批孔”。1976年，开展“反击右倾翻案风”等运动。“文化大革命”期间，全区有近2万人被审查批斗，227人非正常死亡。其中40名党员干部被迫害致死，经济和社会事业遭到破坏。