民国以前，水运为主要运输手段。肇嘉浜、周泾、东芦浦、北长浜、打铁浜、日晖港均为航道。肇嘉浜横贯东西，连接上海城厢和松江府城，是经吴淞江出海，或抵太湖的主要航道。黄浦江凿筑以前，上海港货物，多仗肇嘉浜集散。黄浦江下游段凿筑之初，江阔浪高，不宜小型木船航行，肇嘉浜依旧货运繁忙。后浜身淤塞，清乾隆年间上海曹一士有《请浚肇嘉浜以利航运灌溉书》上府县。清末，轮船发展，黄浦江航运日兴，区境南部沿江码头日增；肇嘉浜、周泾因淤塞而中断航运，并相继填没，日晖港渐为区境内河航运集散港。

一、日晖港货物运输

日晖港，原连黄浦江、肇嘉浜，可经李　溪、蒲汇塘，西南通松江城，西北连吴淞江。港内随黄浦潮汛涨落，60吨以下货船通畅无阻。清末，渐为上海西片物资集散地之一，沿港形成内日晖市、外日晖市，并在外日晖市设有厘金局，对过往货船征收厘税。20世纪初，日晖织呢厂、龙章造纸厂、开平煤码头相继建于港口三角洲，航运更兴。民国26年（1937年）12月14日，伪上海市警察局局长朱玉珍，在给伪大道市政府的报告中称，经日晖港“由外埠运送到大米、猪、羊、菜蔬等物，为数甚巨”，称其与曹家渡同为“外埠商运来往必经要道，系属商运繁区”。伪大道政府设卡征税。40年代初，侵华日军筑沪闵路，切断肇嘉浜与蒲汇塘连接之水道后，日晖港航运作用大减。民国36年，上游筑坝，与肇嘉浜隔断，遂成黄浦江之内港。

水上运输　民国时期，经港货船多粮、柴、煤、建筑材料及邻近工厂之设备、原料和产品，由小型运输业主和个体船户承运。1958年，区商业科主持对货运船户进行社会主义改造，建水上船队，属东星高级运输合作社，有木、帆船130艘。1959年，转归区建设局材料公司，其时有社员126人、船56艘，装载总量500多吨位。1961年，转归区交通运输局，该年收入23.1万元，运载量7.8万吨，航程9.36万公里，公共积累7万元。1963年，归市内河航运局。1956年，市肥料公司将载运垃圾和粪肥的船户，组为红旗、五星、卫星等运输合作社。1978年划归市环境卫生管理处，1984年，改属市环境卫生管理局，名日晖港大队，承运上海市区南片生活垃圾和粪肥。

码头装卸　解放前，沿港码头多为封建霸头把持。解放后，经民主改革和镇压反革命，镇压了仰仗反动势力和帮会，把持码头的恶霸单金海，废除封建把头制度。市搬运公司设日晖港办事处，管理码头和装卸业务。1958年起，航运及港口管理，由港务局负责。1986年后，归上海海上安全监督局上海港务监督。

1953年，区境内有货运码头3座，为竹木块石码头、柴草码头和砖瓦码头。日泊货船30余艘次，月计1000多艘次，装卸业务由私营业主和个体劳动者经营。1957年5月，成立日晖港码头搬运大组。1959年，改组为区人力货运车场装卸起重队和顺昌街道装卸队，由区交通运输局管理。70年代，配制10台卷扬机、吊车等，装卸作业渐转机械化。80年代中期，出现独立核算的集体所有制搬运装卸企业，1987年3户，1988年4户，从业人员138人。较大的是五里桥劳动服务公司所属装卸队，承接上钢三厂和铁路上海南站港口货运装卸，年作业量20万吨以上。1993年又有起重户8户，从业人员90人，最大的通达维修安装工程部，亦属五里桥劳动服务公司，承接锅炉起重装卸业务。

日晖港，又是上海市区南片排泄废弃物的重要出运港。民国元年起，出运粪船由肇嘉浜经日晖港运往农村。民国36年，市卫生局在今日晖东路63弄对面建垃圾、粪肥码头。建国后，先后在平阴桥头（今斜土路处）和今瞿溪路处构筑垃圾码头和粪肥码头。1992年12月，配合日晖港综合治理工程，于开平桥外黄浦江边兴建大型环卫综合码头。

港口东首有沪江机械厂码头，前身为龙章造纸厂卸运木材、稻草原料专用码头。解放初一度归属南园，后为沪江机械厂专用。

清末民初，徽宁会馆与四明公所南厂，曾合建运柩码头一座，后废。

二、黄浦江沿岸货运码头

自日晖港东口至高昌庙，区境内有全长约3.1公里的黄浦江北岸。清同治年间，江南机器制造总局（简称江南制造局）设址于此，并驳筑码头，成为企业专用码头。之后，企业专用码头日增，其装卸由企业自任。自西向东，除两处轮渡码头外，顺次为：

隧道公司专用码头　位江南制造局试炮区西（今龙华东路660弄江边）。初为公共滩涂，民国7年三北轮船公司租建修船码头。40年代为装卸垃圾用，50年代由区副食品公司和市蔬菜公司所用。1966年，划归市隧道公司。

市金属公司专用码头　原江南制造局试炮区内滩地，解放后调整为市金属公司专用码头。

江南造船厂专用码头和操作场地　鲁班路轮渡站和江边轮渡站之间，约长2.5公里。其间，有原民国19年建造的飞机码头，系国民政府军海军部航空处专用码头，原光绪年间建造的海军码头和专为修造舰船之用的船坞等。