1967年5月区革会“抓叛徒小组”建立，7月改称为“区材料组”，1968年10月又改称为“区专案办公室”。机关“造反派”把持了这个机构，进行所谓“揪叛徒”、“审查干部”。一大批机关干部因而被审查，遭受种种迫害。区委正副书记、常委和正副区长共9人全部被审查；区部局长级干部106人遭审查的有97人，占91.5%；科级及以下干部360人遭审查的有136人，占37.8%；解放前在三区百货业、新药业、银钱业、海关等参加中共组织的地下党员，几乎都被诬为“叛徒”、“特务”或“假党员”进行审查批斗。

1967年下半年在审查批斗干部中采取各种手段摧残干部。有34名干部被隔离，有26名部局长干部被抄家，其中有3人被“扫地出门”。副区长张六吉，1967年3月“结合”进区革会常委。张在“文化大革命”前曾被派往上海第十七棉纺织厂任“四清”工作队副队长。当时在上棉十七厂工作的王洪文主张把全厂中层以上干部全部“靠边”劳动，被张六吉制止；张六吉家属又曾反映过张春桥妻子的政治历史问题，因此张春桥、王洪文怀恨在心，挟嫌报复，诬陷张六吉有严重政治历史问题，于1967年12月19日将张秘密绑架，从病床上拖走，关押在中华造船厂地下室，施行刑讯逼供，残酷毒打，至12月30日被迫害致死。

1968年3月19日机关“造反派”在光明中学操场召开“批判四代书记大会”。把50年代以来历任黄浦区委书记揪来批斗，还把20多名部局长扣上“叛徒”、“特务”、“阶级异己分子”等帽子押到会场“陪斗”。会上诬陷区委、区人委是“黑窝”、历任区委书记“不是叛徒就是特务，没有一个好的”。

1968年6月机关“造反派”举办所谓“叛徒、特务罪证展览会”。把区委、区人委的一批领导干部指名道姓扣上“叛徒”、“特务”、“三反分子”、“工贼”等帽子，绘制成87幅版面的图片、照片，还雕塑四颗头像以及一批所谓“实物罪证”，进行诬陷丑化。在南京东路区文化馆公开展出20余天，影响极坏。

1970年9月筹建新区委时，区劳动局长高作被提名为区委委员候选人。后因高作有所谓“攻击江青的言论”而取消提名。其所谓“攻击”，系指“文化大革会”初期，高作在办公室内议论过江青有关临时工问题的讲法，因此受到机关“造反派”的批判。以后高作被“解放”，“结合”进四川南路街道任党委书记。11月2日一名机关“造反派”头头写信给张春桥密合区革会领导“不坚持原则，要把一个有攻击无产阶级司令部言论的人放进新区委班子……”。张春桥把信批给王洪文“认真查处”。王洪文即找区革会领导，当面训斥为“严重右倾”，并说“攻击江青就是现行反革命”，“你们回去后要举一反三”等。致使高作倾刻由一个街道党委书记被当作“现行反革命”进行批斗。曾经议论过江青等人的有关干部在“举一反三”中，重新当作“攻击性言论案件”组织批斗，再次遭受迫害。

黄浦区一些“造反派”头头在全区开展的“清理阶级队伍”和“一打三反”运动中，利用他们手中篡夺的权力，制造大量冤假错案，迫害大批干部和群众。在“文化大革命”中先后被“清查”的所谓“清队对象”6480人，其中定为“叛徒、特务、地、富、反、坏、现行反革命分子”的457人。“一打三反”中作“现行反革命”审查的1769人，其中有的被定为“现行反革命分子”或“反革命小集团”，受到判刑、管制、戴帽等处理。在这些运动中大批无辜的干部群众遭受诬陷迫害。全区非正常死亡的共560人，其中迫害致死的47人。