1966年9月间，北京、东北等地大批“红卫兵”南下串连。哈尔滨工业大学部分“红卫兵”进入市六女中与“海燕战斗队”会合冲击该校党支部，故意制造所谓“支部书记撕革命大字报”事件，于9月16日将支部书记关押在宿舍内，反绑双手，将她头发剪掉，跪倒在地，施行毒打和轮番折磨，致使她大脑皮层痉挛，引起精神失常。在治疗期间她继续被关禁在校内，还揪到上海杂技场进行大会批斗，把油墨、柏油倒在她头上，在身上踏上一脚，呼喊“让她永世不得翻身”，使身心受到严重摧残，病情加剧。后由区委组织力量，将她抢出学校送往医院救治。

市六女中的事件是黄浦区发生的第一起严重殴打迫害干部事件，影响全区。此后，黄浦区学生殴打教师屡屡发生，揪斗干部越演越烈。市六女中的“红卫兵”头头这种所谓“敢于造反、敢于斗争”的精神，也因此名噪一时，并引起市里的关注，派联络员去“指导”工作。1967年4月市六女中各个“红卫兵”战斗队组织，在联络员的帮助推动下“开展大批判，促进大联合”，成立了学校统一的“红卫兵”组织。这一行动迎合形势的需要，作为“经验”上报到北京。4月12日毛泽东主席批准市六女中“红卫兵”“在大批判中实现大联合”的经验，向全国广播。翌日《人民日报》、《解放日报》、《光明日报》等发布消息，发表社论，一时市六女中成了全国闻名的中学。张春桥、姚文元等人更是利用“市六”影响，直接插手控制，把该校作为他们推行其反革命纲领的“政治窗口”。在“市六经验”发表的当天，徐景贤立即赶到市六女中，以报喜为名召开大会，吹捧市六女中是“上海中学红卫兵运动的中心”，市六女中“造反派”头头是红卫兵的领袖。5月24日张春桥、姚文元亲自来到市六女中，传达毛泽东主席“关于中学无产阶级文化大革命要走上正轨”的谈话为名，策划指使市六女中牵头串连控江、市十、比乐、和平等中学，召开电视斗争大会，揭批市委所谓“镇压破坏中学文化大革命的罪行”。

从此市六女中的几个“红卫兵”头头，深得张、姚的器重，被委以重任，相继出任黄浦区革委会常委、市革委会委员及市中学“红代会”负责人。1967年4月20日，北京市革委会成立时，上海组织赴京代表团，张春桥授意要该校“红卫兵”头头参加。8月姚文元率领“中国红卫兵代表团”访问阿尔巴尼亚，出席阿劳动青年联盟第五次代表大会时，指名该校“红卫兵”头头参加代表团出访。这个“红卫兵”头头访阿回国，经北京返回上海后，提出要成立“红卫兵黄浦军区”，并于8月18日召开区第一次“红卫兵”代表大会，在“区红代会”上产生了“红卫兵”军区，由市六女中的这个头头任军区负责人。8月21日在文化广场召开“红卫兵黄浦军区成立大会”，成立了全市第一个“红卫兵”军区。张春桥、徐景贤、王洪文等出席大会，徐景贤在会上讲话。

这些“红卫兵”头头，对张、姚等人言听计从受其利用。1968年当有人反对张春桥、徐景贤时，市六女中“红卫兵”头头跟着徐景贤赶到复旦大学压制反对派，并利用她“市红代会”负责人的身份，到一些中学对反对派做游说工作。是年起，每逢4月12日为该校“纪念日”，张、姚在上海的余党都要去市六女中搞纪念活动，或办校史展览，或搞所谓“老红卫兵传统教育”。

1969年6月张春桥、徐景贤在起草《上海市中小学教育革命纲要》时，曾多次在市六女中组织讨论然后修改定稿，并以市六女中作为推行《纲要》的试点单位。1971年3月徐景贤为否定学生以学为主，否定课堂教学，指使《文汇报》发起一场所谓“教育革命如何同三大革命相结合”的大辩论。《文汇报》在头版头条刊登市六女中《关于教育革命的一封信》为这场大辩论开路。

张、姚等人在利用市六女中这个“政治窗口”的同时，对教师队伍大肆迫害。他们诬称市六女中“有帝国主义埋藏的定时炸弹”“有国民党的残渣余孽”，对教师任意隔离审查、批斗、关押、抄家，在143名教职工中，有52名被立案审查，占36．4%；非正常死亡的有5人。1968年该校曾发生“一只死猫，两条人命”的迫害事件。在1966年8月间，厨房蒸饭时，一只小猫躲进蒸笼内被蒸死。当时经过调查，确认并非故意。2年后竟旧事重提，把这说成是一起“仇视伟大领袖的政治事件”，总务主任、食堂管理员多人被隔离审查，其中卫人被审查达8年之久，并造成2人被迫害致死。

1972年张春桥、姚文元为继续严密控制市六女中这个“政治窗口”，在“工宣队”中物色人员安插在该校担任党支部书记，并任中共黄浦区委委员、市总工会委员。1974年被派往北京出席教育战线第二次“批林批孔”座谈会。回沪后，向全校师生散发大量“反击右倾翻案风”材料，还自搞一个“批判复辟倒退五对照”材料，印发给师生学习和批判。1975年4月12日借“学校纪念日”活动为名，开了个有全区各单位参加的诬邓现场会，会上散发所谓《奇谈怪论摘编》攻击邓小平，造成恶劣影响。