境内高等教育始于清光绪三十一年（1905年）李平书和张竹君于公共租界派克路（今黄河路）尚贤里创办的上海女子中西医学堂。光绪三十三年德侨宝隆设同济德文医学堂（今同济大学）。民国4年（1915年）西人又设博爱医学校，培养大学本科生。民国6年境内第一所中医专门学校设于白克路（今凤阳路）珊家园。民国17年民治新闻学院（后称民治新闻专科学校）创立于爱多亚路萨坡赛路（今延安中路淡水路）口。至民国26年7月，境内先后设大专院校35所，其中外国教会和外侨设5所。

民国26年抗日战争爆发，境内上海战时建设大学、上海商学院等2所高校相继成立。圣约翰、东吴、沪江等教会大学迁入南京路大陆商场合办华东基督教联合大学，并与金陵大学和金陵女子文理学院协作办学。嗣后，教会又在境内设大专院校3所。时国人在境内新设大专院校13所；国人所办光华大学、复旦大学、正风文学院、南通学院、苏州美术专科等26所院校，亦从市内外迁入境内。太平洋战争爆发后，日军进占租界，基督教联合大学解散，其他院校迁往内地，部分保留沪校。复旦等校坚守民族气节，坚持不向敌伪注册，不要敌伪津贴，不受敌伪干涉。为避免敌伪干扰，光华大学对外改称诚政文学社和格致理商学社，仍在汉口路422号证券大楼（今华企大楼）上课。民国29年正风文学院改名诚明文学院。复旦大学在境内两易其址，后以补习部名义迁往外区。胜利后，国人设专科学校3所。解放初，境内尚有沪江、之江和上海商业专科等3所高等学校，不久均他迁。

1958年筹办上海海运学院，1959年正式成立，并开始对外招生。院址在浦东大道1550号，占地23万多平方米，建筑面积17万多平方米。学院是目前境内唯一的一所公办全日制大学，直属交通部领导。以培养航海类高级技术人才和航运管理高级专门人才为重点。有9个系，设海洋船舶驾驶、交通运输管理工程等12个本科专业，客运旅游等4个专科专业；另有成人教育、基础科学等4个部和航海技术等6个研究所。国务院批准有学士和硕士学位授予权。1992年有班级99个，学生3018人（内本科生2535人，专科生348人，研究生135人）；教职工1945人，其中教师798人；中、高级技术职称分别为549人和213人。

学院有各类实验室50多个，拥有育海、育青、育峰和宝荣等4艘万吨级教学实习船和天鹰、天琴两艘远洋训练帆艇。有水上训练基地、实习工厂等设施。建校30余年，已为国家输送近15000名本、专科生、研究生和各类专业培训生；取得科研成果200多项，其中136项受到国家、交通部、上海市和学院的表彰与奖励。学院出版专著、教材、译著502种，其中85种获国家教委、上海和学院优秀教材著作奖。学院主办有《上海海运学院学报》、《水运管理》、《远洋运输》和《海运情报》》等多种学术性刊物。