20世纪20年代，公共租界工部局西区卫生事务所第四分处成立，为境内最早的卫生管理机构，地址在愚园路1360号。办理境内预防注射、卫生教育及有关卫生稽查事宜。汪伪时期，改称上海市卫生局沪西卫生办事处。民国35年(1946年)3月，上海市卫生局第五区卫生所长宁分所建立。同年8月，改称上海市卫生局长宁区卫生事务所，负责境内调查医疗机构及医药人员、水井消毒,调查公共场所卫生状况,推行妇婴卫生、学校卫生、卫生教育、医疗门诊,推行霍乱、天花、白喉及狂犬病预防注射、出生死亡和法定传染病统计等工作。民国38年2月，改称上海市卫生局法曹区卫生事务所。

    1949年6月，上海市军事管制委员会卫生组接管法曹区卫生事务所，由市卫生局直接领导。1950年10月，撤销区卫生事务所，有关业务移交长宁区人民政府卫生科接管，卫生科下设诊疗组、医管组、防疫组、妇儿保健组、卫生督察组、卫生教育组及总务组。1950～1952年，先后成立区防疫站，区诊疗站及区妇幼卫生所后，卫生科下设医药管理、卫生统计、卫生宣教及工业卫生四组，专司管理业务。1957年12月1日，区卫生科改制为上海市长宁区卫生局。

    1967年4月,区卫生局停止活动，成立教育卫生组。1973年10月改为卫生组。1978年6月恢复区卫生局建制,下设医院管理、医疗预防、政工及秘书4科,1984年9月政工科改为人事科。1992年,区卫生局设组织、宣传、医院管理、医疗预防、人事、计划财务等6科及局办公室。