在上海解放之时，外国船舶包括军舰在中国内河的自由航行权即告终止。

1949年6月1日，上海市军管会决定开放黄浦江、长江、吴淞口三岔港航运。同一天和6月14日，市军管会财经接管委员会航运处先后发布航字第一号通告《战时船舶暂行管理办法》和《对外籍轮船进出港口管理暂行办法》，规定外国民用船舶可进出上海港口，但禁止外轮在中国内河航行。进出上海港口的外轮必须事先得到军管当局批准。

1950年4月，中国交通部颁布《关于外籍轮船进出口管理暂行办法》、《进出口船舶船员旅客行李检查暂行通则》等规章，规定外轮进出中国港口、停泊及移泊地点，须事先经批准和查验，不得任意停靠、移动，军事禁区更不得停靠；外轮抵港后，不得使用船舶电台、雷达和武器等；取缔外国侵犯中国领水的引水权，引水员一律由中国人担任，将过去外轮可自由决定是否需要引水改为必须由中方引水；在中国领水内发生海事事件时，按照中国公布的《海事处理暂行办法》处理。同年7月，中央人民政府财经委员会发布统一航运管理的指示。上海市军管会和市人民政府根据国家的上述规定和指示，发布《淞沪港船舶进出口管制暂行条例》，详细规定了外国民用船舶进出上海港所必须遵守的条款。

1951年3月，上海市人民政府接管外国人长期垄断上海港引航的团体——铜沙引水公会。6月，最后一名英籍引水员被解职，彻底结束了过去100多年里外国控制上海港引航权的历史。

同一时间，上海建立维护国家主权、港口安全而又方便外轮的“对进出港外轮的联合检查制度”(港务局、海关、边防检查站等单位在同一地点、同一时间联合进行检查，简化手续，缩短检查时间)。并实行进港船舶“统一指泊”，即在经批准的泊位停靠，不能再像过去那样自行任意选择码头、泊位。1951年8月，成立上海港港务监督，管理进出上海港的中外船舶。

嗣后，外轮一般不许驶入中国内河。只有在特定条件下并经港口管理部门批准，才能驶入长江，但必须悬挂中国国旗，在指定码头、锚地停泊，遵守中国一切法令并封闭其武器和电讯、摄影、测绘等设备。至此，丧失了100多年的领水主权全部恢复。