1885年9月21日，法总领事葛林德(V.Collin de Plancy)照会上海道邵友濂，转达法公董局意见，称“四明公所现厝有棺木2100具，此对于租界卫生，将有危险影响”，要求尽快予以解决。邵友濂即派员赴四明公所商议改善办法。后经甬绅王镇昌等人力禀公所性质，此事遂行搁置。

1890年夏，上海附近发生鼠疫，法国新任驻沪总领事召尔棠(Jordan)于是年8月27日照会上海道聂缉椝，转达法公董局要求中国当局严令四明公所对停放棺柩进行消毒。8月31日，聂缉椝照复同意。但对法公董局进一步提出的“尽行清除四明公所内之棺柩”之要求，聂缉椝则按所订协议予以拒绝。

1898年1月6日，法总领事白藻泰(G.G.S.de Bezaure)公布了由法公董局制定的《法租界管理章程》，其中规定：“禁止租界边沿堆寄棺柩。”白藻泰同时咨照四明公所，“限六个月内将所内寄柩搬迁净尽”。至7月1日，公所所有棺柩3000余具中已有2500余具陆续迁出，并在公所迤西诸家桥另筑殡房。

是年5月11日，法公董局通过征收四明公所全部地产税的议案；5月18日，法公董局又议定征收四明公所部分地产建筑学校、医院。5月23日，白藻泰致函四明公所，命公所派员前往法领事署呈验地册。公所以“司事者不审，所指率以不知”函复白藻泰，拒绝交验地册。7月1日，法公董局要求公所交出部分地产，以作建筑学校、医院之用。四明公所董事严信厚等人予以拒绝，并呈禀上海道蔡钧，以1874年法前总领事与前上海道达成的协议为凭，拒绝法公董局的要求，并就法公董局拟建学校、医院一事与白藻泰进行谈判。蔡钧提出另觅一地赠予法方，并补助千金，为法公董局建造医院经费。白藻泰坚持法公董局立场，拒绝蔡钧的建议，谈判陷于僵局。7月15日，白藻泰照会蔡钧，通知“明晨即拆义冢围墙”。蔡钧即派上海县知县黄承暄和译员赴法领事署，往返劝商。

7月16日晨五时许，白藻泰不等蔡钧答复，即亲率法军80余人进占四明公所，强行拆除四明公所围墙并逐走四明公所人员。公所主持人向全市各界送发了抗议法方违背协议的传单，呼吁各界罢市，以示抗议。次日，上海以宁波籍为主的各界人士拥至法租界巡捕房前举行抗议游行，遭到法军武装血腥镇压，当场死17人，伤20余人。上海各界对此暴行义愤填膺，举行罢市罢工，支持四明公所的抗暴斗争。

事件发生的当日上午十时，蔡钧和上海县知县黄承暄偕四明公所总董方继善等人，赴法领事署与白藻泰交涉，双方争执激烈，白藻泰答应“暂缓二日定夺”。蔡钧照会各国领事，表明是非。7月17日，蔡钧、黄承暄与白藻泰再次会晤，交涉仍无结果。7月18日，白藻泰照会蔡钧，表示愿通融办理，所有寄泊之兵船，当即撤回，请蔡钧知照宁帮静候办理，蔡钧表示同意。双方达成妥协约定：法方同意停止军事行动，中方同意由黄承暄布告安民，晓谕市民照常开市，善后事宜由江苏藩台来沪办理。但因法军继续霸占四明公所，市民继续罢市。

7月20日，江苏布政使聂缉椝抵沪，与蔡钧同至洋药局会晤白藻泰，交涉解决办法。当日晚，聂缉椝和蔡钧再赴法总领事署交涉。经多次谈判，蔡钧与白藻泰于8月10日达成议定，规定四明公所归宁波同乡会所有，伤毙之人，则援照1874年第一次四明公所事件所订协议“酌给抚恤”；上海地方政府另拨八仙桥西首一块空地归法方起造医院和学校。更为屈辱退让的是，聂、蔡等人还原则上同意了法方要挟提出的扩界要求。

但是，嗣后法方对此议定又起异议，并经法驻华公使毕盛(S.J.M.Pichon)与清廷总署交涉，于是年9月2日达成四点协议，除确定上海议定的基本条款外，另又加上：在维持四明公所土地权外，法方可以在四明公所地面上开筑交通所需的道路，并规定四明公所内不得掩埋新尸或停放棺柩。

1900年1月30日，上海道余联沅与法公董局总董宝昌(P.Brunat)达成协议四条，规定四明公所让出部分土地，拆除部分围墙，以便按法公董局原定线路修筑宁波路(今淮海东路)，而公所所损墙门，由法公董局出资修复。

1902年1月，法方支付第二次四明公所事件中被害中国人每人100两银抚恤金。