清光绪十二年（1886年），江苏省在洋务运动的影响下，开始执行“恤商政策”，经两江总督张之洞奏准在上海设立商务局，由在籍绅士任经理，负责倡导实业与督饬通商事宜。清光绪三十三年五月，清政府改订省外官制，各省添设劝业道，掌管全省农工商及各项交通事务。上海设劝业员，受江苏省劝业道及地方官的领导，管理境内工商企业的商务活动。

辛亥革命后，北洋政府设立专门管理机构管理企业登记、商标注册。民国16年（1927年），上海从江苏省划出，建立特别市，下设农工商局，后改为社会局，负责全市工商企业登记、商标注册等工商行政管理工作。民国26年7月抗日战争爆发后，上海沦陷，伪政府于民国27年1月成立伪上海市大道政府社会局，民国29年3月改为伪上海市政府社会局。民国32年2月撤销伪社会局，有关工商行政管理事项划归伪上海市政府经济局。民国34年9月，抗日战争胜利，国民政府恢复上海市社会局，第一处负责工商行政管理事宜，郊区则由县政府建设局或实业局兼管。

1949年5月28日，上海市军事管制委员会财政经济接管委员会工商处接管了社会局的工商行政管理方面的工作。同年9月，工商处改建为上海市人民政府工商局。为了顺利进行接管工作，维持社会稳定，上海市军事管制委员会在市区20个行政区成立接管委员会。1950年6月，各区建立区人民政府，同年底，各区人民政府相继成立工商科，受市工商局和区人民政府的双重领导。1953年3月，工商局改名为上海市人民政府工商行政管理局，专管工商行政管理事宜，原由工商局兼管的国营商业专业公司全部划归商业局领导。1955年4月，又改名为上海市工商行政管理局。

1956年1月，资本主义工商业实行全行业公私合营后，市工商行政管理局工作重点转向对私改造、对自发工业户、烟纸杂货小商铺等业主的改造，以及自由市场的管理工作，和对遗留问题的调查研究上，并参与市人民政府第八办公室拟订清产核资、定股定息、人事安排、行业归口等有关政策；而各区工商科也转向对那些尚未登记、合营的自发工业户进行调查登记，以及加强对自由市场的管理。1958年8月，市工商行政管理局与上海市服务局、粮食局、供销合作局合并为上海市第二商业局，对内为工商行政管理处，对外仍挂上海市工商行政管理局的牌子。1959年4月，工商行政管理处从第二商业局划归第一商业局领导。1962年8月，由于市场管理工作需要，中共上海市委、市人委决定恢复上海市工商行政管理局的独立建制，各区、县相应恢复工商科（股）建制。1966年，“文化大革命”开始，工商行政管理工作停顿，机关干部大都被下放劳动，市局机关工作人员最少时只剩下8人。1967年5月，市工商行政管理局改称为上海市工商行政管理局革命委员会，1979年11月，恢复上海市工商行政管理局原名。

1978年，工商行政管理工作进入新的发展时期，上海市工商行政管理局的机构建制不断得到加强，各区、县也相应恢复和建立了工商行政管理局。到1990年底，全市共有工商行政管理机构312个，其中：市工商行政管理局1个，区、县工商行政管理局22个，工商行政管理所163家，专业管理所16家，检查队（站）39个，工商行政管理干部学校1座，商标事务所（筹）1家，档案馆（筹）1座。根据上海市人民政府批示，上海市工商行政管理学会、上海市个体劳动者协会、上海市消费者协会、上海市广告协会4个社会团体挂靠在上海市工商行政管理局。各区、县也相应成立工商行政管理学会、个体劳动者协会和消费者协会3个社会团体，挂靠在各区、县工商行政管理局，业务上分别受市、区、县工商行政管理局指导。