封建社会时，统治者把手工业者编入“匠籍”，把商人编入“市籍”，无籍经营户予以取缔，清朝改“籍”为帖（执照），无帖（执照）者勒令歇业。清同治二年（1863年），江苏巡抚李鸿章出告示，规定“开设牙行，务各查照定章踊跃输收，请领部帖（执照），逾期不来请帖，严行封禁”。清光绪二十九年（1903年），清政府设立工部、商部，后合并为工商部，先后颁布《商人通例》、《公司律》、《公司注册试办章程》、《破产律》等法规，中国开始进入近代工商企业登记管理时期。辛亥革命后，国民政府发布《商业注册暂行规则》、《公司注册暂行规则》，规定“商业注册以市政府及县政府为注册所”，“公司注册以工商部为总注册所，以各省省政府或特别市市政府主管商事之厅局为分注册所”。上海市社会局在民国18年（1929年）2月13日，经上海特别市政府批准，设立商业注册所和公司注册分注册所，受理工商企业登记。由于不停的战争，政局更迭，工商企业登记管理时断时续，到上海解放前夕，全市有2／3工厂处于停工、半停工状态，一些商业活动陷于停顿，市场萧条。

从上海解放到1956年1月，上海实现私营工商业全行业公私合营期间，上海市工商行政管理机关根据中共七届二中全会精神，贯彻对私营工商业利用、限制、改造的政策，全面登记管理私营工商业，保护合法经营，对大中型企业的筹设、电力供应、厂址选定等等方面予以协助、提供方便。对一些从事投机或人民不需要的企业，逐步予以取缔淘汰；对过剩或不宜发展的行业，则限制其发展，避免盲目投资造成浪费；对资本主义批发商则采取逐步替代办法，进行社会主义改造，实行私营工商业全行业公私合营。

对私营工商业的社会主义改造完成后，上海工商行政管理工作重点转入配合市有关部门自发工业户的管理，企业登记管理工作基本停止。在“大跃进”和人民公社化运动中，工商企业擅自开业、歇业的情况，不仅工商行政管理机关心中无数，各业务主管机关也难以了解全面情况。1962年12月，国务院发布《工商企业登记管理试行办法》，上海市成立了以石英副市长为组长的工商企业登记管理领导小组，上海市工商行政管理局于1963年9月开始对全民、集体所有制工商企业重新进行登记，纠正了前一阶段企业登记管理上的混乱状况，并根据中共中央对国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，重点调整了生产与流通领域中的企业经营范围，以保证计划经济的贯彻执行。

“文化大革命”时期，上海的工商行政管理机构被撤并，市工商局最少时仅有8人，企业登记管理工作再次中断，工商企业的开、停、并、转失去控制。1979～1981年，按照国家工商行政管理总局发布的《关于特种行业企业进行登记管理的通知》、《关于开展工业企业普查登记的通知》、《关于开展商业、饮食业、服务业、交通运输业全面登记的通知》等要求，上海市工商行政管理局对全市工商企业进行大规模普查登记，纠正了擅自开业和重复建设的现象，建立了比较完整的企业“经济户口”。1988年9月，国务院发布了《中华人民共和国企业法人登记管理条例》，上海市工商行政管理局和区、县工商行政管理机关设立专职企业“经济户口”管理员，并配置电子计算机，在全市形成企业登记电脑管理网络，每年统一对企业进行年检，以加强日常监督管理。

1984年下半年，上海出现办公司、办中心热，半年多时间内全市新办的公司、中心有3836家，其中有一些是“皮包公司”、“三无公司”（无资金、无固定场所、无固定经营人员），以及党政机关办的经商企业，以权谋私、以权垄断、就地转手倒卖、谋取非法暴利等情况十分突出，严重扰乱市场经济秩序。根据国务院《进一步清理和整顿公司的通知》和《关于严禁党政机关和党政干部经商办企业的决定》，市工商行政管理局会同各级主管部门对新办的公司、中心进行整顿、检查，立案查处了958家从事违法经营活动的企业。1989年7月，在中共上海市委、市人民政府组织下，市工商行政管理局又对1986年下半年以来新办的5288家公司、中心进行清理整顿，并要求在公司、中心中任职、兼职的1429名党政机关干部，分批与机关脱钩，以推进党政机关廉政建设。在此基础上，市工商行政管理局依照《中华人民共和国企业法人登记管理条例》和实施细则，从1990年1月起，对已经核准的工商企业全面进行换照，以《企业法人营业执照》取代《营业执照》。通过企业法人登记换照从法律上确认企业法人资格，保障企业合法权益，同时取缔非法经营，维护市场经济秩序。