1966年夏，“文化大革命”开始时，中华人民共和国副主席、中国福利会主席宋庆龄居住在北京后海北河沿46号寓所。1996年8月30日国务院总理周恩来亲自拟定《一份应予保护的干部名单》，送中共中央主席毛泽东批准。宋庆龄被列在这份名单之首。

9月1日，由于有的红卫兵扬言要冲击宋庆龄的寓所，并在大字报上要求撤掉宋庆龄国家副主席职务，周恩来紧急召集北京红卫兵代表开会，严厉告诫他们不能这样做。他指出，宋庆龄和共产党的合作是始终如一的。我们应当尊重她。到她家贴大字报不合适。我们无论如何要劝阻。根据周恩来的批示，加强了对宋庆龄寓所的警卫，岗哨布置到甘水桥一带。周恩来还建议宋庆龄搬进中南海去住，以保证安全，她对此表示婉谢。宋庆龄在北京和上海的寓所，都未被红卫兵、造反派闯入。

宋庆龄时刻关心着在上海的中国福利会及所属各单位的情况。当她了解到，中国福利会在上海的工作实际陷于停顿状态，便请上海市副市长、中国福利会执行委员会委员金仲华给予帮助。为此，金仲华曾走访了中国福利会一些单位，鼓励他们继续工作。

江青反革命集团及其在上海的爪牙，否定新中国建立后17年的成就，诬蔑中国福利会的各项事业是“修正主义样板”，扬言要“彻底砸烂”。1966年11月，《儿童时代》杂志被迫停刊。中国福利会少年宫也被迫停止活动。在中国福利会国际和平妇幼保健院，专家被打成了“资产阶级反动学术权威”，推行所谓“医、护、工合一”，“听筒、针筒、铅桶一起拿”，“医生当工人，工人当医生”，造成医疗护理工作流程的混乱，医疗事故不断。在中国福利会托儿所、幼儿园，提出所谓“不要培养修正主义苗苗”，打乱教养员和保育员的分工，保健、教育质量下降。中国福利会儿童艺术剧院一大批优秀儿童剧被打成“毒草”，不准上演。儿童艺术剧场从1966年2月起，被迫基本停止对少年儿童演出儿童剧，由上海京剧院租场排练、审查“样板戏”。此时，江青受林彪委托正在上海召开“部队文艺工作座谈会”，她和林彪曾到儿童艺术剧场观看《智取威虎山》的排练和演出。

江青反革命集团在上海的爪牙阴谋策划肢解与搞垮宋庆龄创办与领导的中国福利会。除了《儿童时代》被迫停刊外，又于1974年4月把中国福利会少年宫强行划出，直到粉碎江青反革命集团后的1978年4月重新归中国福利会领导。他们还准备把中国福利会国际和平妇幼保健院划归卫生部门领导，脱离中国福利会建制。1973年，宋庆龄从北京回上海治病，时刻挂念着中国福利会各项事业。她曾派身边的工作人员以特殊的方式，察看中国福利会所属基层单位各项业务活动的开展情况。

在北京的《中国建设》杂志，由于周恩来的关怀，基本按期出版，对外发行。但杂志的方针、内容受到严重干扰，偏离宋庆龄原定的编辑方针。照登了国内“文化大革命”的政治文件，出现假、大、空的报道及反映“文化大革命”的错误内容。

1966年10月下旬，中国福利会机关及各单位纷纷组织了“造反队”，其中人数较多的造反组织有11个。中国福利会儿童艺术剧院成立最早的“红旗造反队”，是中国福利会系统造反组织中的骨干力量。12月，造反派策划组织了“抢材料”行动，中国福利会事先已将人事档案安全转移，未遭受损失。但部分日常工作材料和运动材料被抢。

1967年1月3日晚，以儿童艺术剧院造反派为主的各单位造反派，在儿童艺术剧院大草坪召开“夺权大会”，宣布“夺权声明”。4日上午，夺了中国福利会印章，成立了“中国福利会革命造反委员会”。这是中国福利会各单位造反派的联合组织，不是一个权力机构。同时，成立了“作战组”。造反派企图成立“中国福利会革命委员会”，但因为不能夺中国福利会主席宋庆龄的权，由上海市革命委员会政宣组决定，于1968年6月21日成立相当于革命委员会的“中国福利会革命领导小组”，由造反组织成员6人组成。

自1967年9月起，中国福利会所属儿童艺术剧院、少年宫、托儿所、儿童时代社、幼儿园、国际和平妇幼保健院等单位，相继成立革命委员会。在北京的中国建设杂志社于1969年7月经外文局军管小组批准，成立了革命委员会。

“文化大革命”中，中国福利会及所属单位的许多领导、干部和群众，遭受了程度不同的打击与迫害，有的甚至被迫害致死。1968年4月3日凌晨2时许，上海市副市长、中国福利会执行委员会委员、中国建设杂志社第一任社长金仲华，受江青反革命集团的残酷迫害，在寓所含恨去世。1967年，《中国建设》专家爱泼斯坦、邱茉莉被非法关押审查达5年之久。1969年“清理阶级队伍”批斗中，中国建设杂志社总编室主任方应旸、副总编辑陈麟瑞，分别于1月10日、3月12日，遭迫害致死。中国福利会儿童艺术剧院乐队演奏员宋维玲，于1967年1月13日被迫害身亡。中国福利会摄影人员蒋炳南于1967年12月21日下午5时半，遭“造反派”毒打逼供而死亡。

1967年12月20日，上海市革命委员会政宣组召开“清理阶级队伍动员大会”后，中国福利会各单位相继成立“专案组”。被揪斗、靠边、隔离，遭受迫害的对象共计182人。工、军宣队进驻后，在所谓“一打三反”、深挖“516”分子过程中又有33人受到迫害。

中国福利会“革命领导小组”于1968年8月26日开办所谓“坦白从宽抗拒从严集训队”。集训对象包括来自中国福利会8个单位的31名干部、群众，其中有党总支书记郭敏、党组副书记邹尚录等。“集训队”私设公堂，严刑拷打，刑具有木棍、铁棒、竹片条、铜头皮带、电线鞭子、手铐、脚镣等，大搞逼供信，有些集训对象被打致残，甚至有的被逼成精神病。1970年5月，中国建设杂志社在所谓清查“516”分子过程中，将“清队”中被迫害死亡的情况作为“政治谋杀案”审查，把一些干部和青年诬陷为“杀人犯”和“516”分子，其中有7人被非法关押长达8年之久。中国福利会党组书记、秘书长李云被夺权靠边，关押审查，多次批斗，遭受迫害。中国福利会党组成员、党总支书记、人事室副主任郭敏，在靠边受审期间，被“造反派”揪斗、毒打，撞裂两根肋骨，身心受到严重摧残。

1974年2月16日，中国福利会“革命领导小组”召开“批林批孔”动员大会。一年内，全会共召开了大小批判会57次，批判所谓“复辟倒退思潮”、“对17年黑线专政的恋旧复旧思潮”、“修正主义文艺、教育、卫生路线的表现和影响”等，继续迫害一部分干部和知识分子。

中国福利会儿童艺术剧院在被迫停演儿童剧后，江青反革命集团在上海的爪牙企图把儿艺纳入他们的阴谋文艺轨道，用戏剧为“文化大革命”的政治服务。1970年至1976年期间，先后创作演出了话剧《钢铁洪流》（后被改编拍摄成电影《火红的年代》）、《小将》、《新的征途》、《樟树泉》、《凌云志》（原名《银花灿烂》）等剧目。这些剧目的创作和演出，得到江青反革命集团在上海的爪牙马天水、徐景贤、王秀珍与朱永嘉等人的重视与赞赏。《小将》（原名《一分之争》）就是根据徐景贤关于要把戏的主题改为发扬红卫兵的“五敢精神”，批判“智育第一”的“指示”改写的。1973～1974年间，共演出356场，观众33.9万人次，影响很坏，有的还流毒全国。

1973年，中国福利会少年宫编排演出了少年儿童舞蹈《群雁高飞》，徐景贤看后把这个节目打成“文艺战线修正主义战线复辟回潮的典型”，禁止演出。1974年，《红小兵报》上登了两个小学生“少年宫修正主义流毒没彻底肃清”的反映。《红小兵报》工宣队又以《简报》形式上报给上海市革委会。张春桥看了《简报》，把中国福利会少年宫打成“修正主义复辟回潮典型”。

在中国福利会托儿所、幼儿园，也组织幼儿批判《三字经》，培养儿童所谓“从小就粗知一点马列主义，敢于批判孔老二的革命精神”。

1976年10月，粉碎江青反革命集团后，中国福利会及其所属单位在中共上海市委宣传部领导下，认真进行拨乱反正工作，批判和清查江青反革命集团及其在上海的爪牙对中国福利会事业的干扰与破坏，平反冤假错案，逐一落实政策，恢复与健全组织机构，使宋庆龄创办和领导的中国福利会各项事业得到了恢复与发展。