上海地区水利管理工作历史久远。五代吴越时，已设有专事水利的机构，从事水政和工程建设管理；海塘经营管理也是古已有之；宋明时期也已有“以工代赈”“水利民营”和“业食佃力”的水利集资政策；近代开始从制度上加强水利工程管理，曾颁布过海塘修护办法等章程，但违禁现象仍屡见不鲜。

解放后至1977年，上海水利管理分别由市政、航道、港务、公用事业、农业等部门实施行政、制度、计划和工程方面的管理。1977年10月，上海市农田水利基本建设指挥部成立后，全市防汛和郊区水利由指挥部统一管理。1980年3月成立上海市水利局，主管全市城乡水利。

1988年《中华人民共和国水法》颁布施行，从法制体系上为上海地区依法治水、管水提供法律依据和保障，上海水利管理进入了依法治水的新阶段。上海市人民政府确定上海市水利局为水行政主管部门，对全市水资源开发利用和保护实行了统一管理与分级分部门管理相结合的管理制度。

上海水利管理工作经过长期的实践和探索，并随着社会和政治经济的发展，逐步形成和建立起与经济体制和事业发展相适应的管理体制：

建立和健全了水政、水资源、水文、海塘、滩涂围垦、防汛墙、水闸、河道、排灌、工程监理、质量监督、技术基础工作等管理机构，充实了管理队伍，制定和完善了管理制度，从组织体系上强化了管理功能。

制定了《上海市实施〈中华人民共和国水法〉办法》、《上海市滩涂管理暂行规定》两个地方性法规和一批管理规章及部门性文件，从法律、规章制度上规范了管理职能。

实行有偿服务，依法合理征收水利工程供水水费和堤防维护费，多渠道筹集水利建设资金，积极开展综合经营，推行经济承包责任制，从而积累资金，使水利经济不断壮大，满足部分管理资金需要，使水利工程逐步走上以水养水，自我维护和自我更新的良性循环道路，从资金来源上保证实施管理的可能。上海的水利管理正与整个水利工作同步发展。