上海地区治理江河，历代都采用开挖、疏浚、裁湾取直等各种方式。吴淞江原是太湖排水主要通道，历经疏导治理，但“屡疏屡淤”，至元末明初下游段“黄渡以东，皆为平地”。明永乐初年，夏原吉治水苏松，开范家浜，引接大黄浦，使上游积水出吴淞口，吴淞江逐渐演变为黄浦江的支流，黄浦江水系形成。后人称“黄浦渐大，夺淞入海……此江南水道之奇变也。”上海辟为商埠后，为了通航需要，曾连续多年进行黄浦江航道整治工程。

建国后，随着全市城乡经济和社会发展对江河防洪、引排、航运、供水和旅游等功能不断增进的需要而逐步发展，工作的主要对象一是外围的长江口和杭州湾，二是大陆境域贯穿全市的黄浦江水系及崇明、长兴、横沙三岛水系。除继续进行黄浦江航道疏浚外，通过堵汊、促淤围垦、兴建边滩水库等手段对长江口进行局部疏浚治理，还多次进行了市区防汛墙和驳岸工程建设。在市郊对河道水系进行了持续不断的开挖和疏浚。1977年起，根据水利分片综合治理规划要求，进行了上海历史上最大规模的河道整治工程建设。在青浦、松江县开通了东西向的淀浦河，为青松低洼地区解决了涝水出路；新开了南北向连接吴淞江与黄浦江上游的油墩港。在嘉定、宝山地区，疏拓了蕰藻浜、练祁河等，提高了排涝和内河航道运输能力。在浦东地区，开挖了川杨河、大治河、金汇港，使该地区涝水直接排入东海和杭州湾，减轻了向黄浦江排水的压力。在崇明岛拓宽、延伸了南横引河，并开挖北横引河，建立了贯通全岛水系的引排水干河。1991年太湖流域特大洪水后，开通了太浦河上海段，使太湖洪水直接汇入黄浦江上游。各县(区)、乡对中小河道也调整了布局，进行了拓浚，从而健全了以黄浦江为主干、各区各片干支河连通的河网。

建国以来，共疏浚干支河道827条次，完成土方4.12亿立方米，疏浚乡村河道3万余条次，完成土方6.82亿立方米。全市已经形成了黄浦江及干支河组成的合理的河网布局，共有干河293条，总长2799余公里，主要湖泊8个。河流水面积占8.2%，湖泊坑塘水面积占2.7%。这些星罗棋布的河网水系，不仅提高了防洪、挡潮、排涝、引水的能力，而且也促进了航运事业的发展。全市内河航道占全市河道总长的75.54%，其中100吨级以上航道占河道总长的16.19%。水利综合效益随着江河治理工程进展而日益显现。

然而，繁忙的水上航运，也给上海的江河治理带来水土保持问题。由于船行波和涨潮落潮的动力作用，不断冲刷剥蚀着土质护岸，导致水土流失。1985年市政府决定提高航道养护费征收额度，并将航养费的1/8专项用于通航河道的护岸工程，市财政也在农田水利事业费用中单列河道护岸费，用于河道护岸建设。