1990年，上海商检局行政部门设有2室4处，即办公室、监察审计室、人事处、保卫处、行政处、科技处。

一、办公室

上海商检局建局初期，局长下属即配备中、英文秘书各1人。民国20年（1931年）1月设立秘书室，下设文书、编译、图书3课。民国22年7月，组织机构调整，撤销秘书室，3个课隶属事务处。民国35年2月复局后，秘书工作仍属事务处领导。

1949年5月上海解放后，上海商检局行政部门只设秘书处，下设文书、庶务、会计、出纳、统计、人事和业务7个课。1950年6月，秘书处改组，划出人事工作，改名为总务处。1952年又设秘书室专管文书、庶务、会计工作。1952年6月到1955年1月改室为科。1955年1月后又与检务科合并成立行政科。1957年8月，又恢复秘书科，负责文书、档案、财务、总务工作。1959年10月，设立行政办公室，下设检务、文书、档案资料、总务、生活管理5个组。其后文书与档案资料合并，另增设会计组。1978年12月，恢复科室建制。

1981年第四季度，办公室升格为处级建制，负责综合业务、文书档案、科技情报资料和总务工作。1984年6月，总务工作划归行政处。同年7月，办公室下设文书档案、综合业务、监督管理、科技情报4个科级建制。1985年5月，科技情报单独成立科技室。1987年4月，监督管理独立设处，为监督管理处，并在闵行经济开发区设立闵行办事处（科级）。1989年1月，撤销监督管理处，其承担之工作及闵行办事处，仍归办公室领导。至此，办公室下属实设文书档案科、综合业务科、秘书信息科、统计科等4个科及政策法规室、闵行办事处（挂靠办公室）。

二、监察审计室

1955年1月设立监察室。1956年第三季度撤销监察室，设监察员1人直属局长领导。1959年4月，全国人民代表大会第二届第一次会议通过撤销监察部的决议，同年下半年，上海商检局也取消了监察员的设置。直至1989年4月，根据国家商检局《关于在商检系统设置监察机构和专职监察员的通知》，决定设立监察室（后又改为监察审计室）为处级建制。

三、人事处

上海商检局于民国35年（1946年）2月复局后，始设置人事室。1949年5月上海解放后，撤销人事室，其工作并入秘书处下属人事课办理。1950年到1952年6月设立人事室。1952年7月到1954年6月，改为人事科，下设宣传教育、工资福利和行政3个组，后因保卫科并入人事科，1954年7月改为人事保卫科。1955年1月保卫工作又划出，改为人事科。

1958年3月，人事、保卫又合并为人保科。1962年2月，人保科改隶党总支办公室领导。1978年12月，设立组织科和人保科。

1981年第四季度设立人事处，将组织、人事保卫、宣教、纪律检查、工会等部门，均并入人事处领导。1984年1月，局纪律检查组成立，从人事处划出，同年9月，宣教、工会划归机关党委管理。1989年4月，单独设立保卫处。人事处下不设科，具体负责干部考核、职工调配、出国政审、职工教育、专业技术职称、职务、统战、奖惩、劳动工资福利、劳动保护、考勤和老干部工作。

四、保卫处

1952年6月设置保卫科。1953年2月，保卫科并入人事科。1954年6月，称人事保卫科。1955年1月，保卫工作又从人事保卫科中划出，单独设立保卫科。1958年3月，人事、保卫又合并为人保科。1962年2月到1966年“文化大革命”开始，人事保卫均隶属党总支办公室领导。1978年12月恢复保卫科。1981年第四季度人事处成立，保卫科为人事处内唯一的科级建制。1989年4月，设置保卫处。

五、科技处

1975年，上海商检局筹设科技情报资料室。1976年4月科技情报资料与检务工作合并设置综合业务组。1978年12月，设立科学技术室。1981年第四季度科学技术室并入办公室。

1985年5月，单独设置科技室，同年12月正式成立科技处，负责全局的科技情报资料收集、编译、出版；科研项目的立项与组织鉴定；仪器设备的管理、维修、计量；组织实验室认证和计算机的应用和开发工作。设有：科技情报资料、科技管理和仪器设备3个科。

六、行政处

上海商检局建局时，即设置事务处，民国18年（1929年）6月，明确事务处的职责为办理全局文犊、会计、庶务、统计、编辑以及出口商品之监督、指导、调查等项工作。民国20年1月，秘书工作从事务处划出，事务处下只设：会计、庶务、保管3个课。民国22年7月，秘书室撤销，有关工作并入事务处，设有：文书、编译、统计、图书会计、庶务、保管等7个课。民国35年2月，上海商检局复局后，仍有事务处的设置，下设文书、出纳、庶务、报验等4个课。

1949年5月上海解放后，上海商检局行政部门只设秘书处，1950年6月，改名为总务处，设有文书、庶务、统计、会计、出纳、报验6个课。1951年撤销总务处，其职能分别划归秘书科和检务科。1955年1月，秘书科和检务科又合并成立行政科，同年6月鉴于行政科机构庞杂，又单独设立总务科，负责总务、会计、保管等工作。1957年8月，撤销行政科和总务科，分别设置秘书科和检务科。1959年10月撤销秘书、检务两科，合并成立行政办公室，下设总务、生活管理、文书、档案资料、检务5个组。此后，后勤工作直隶属行政办公室，组的建制又有所调整。

1979年1月恢复总务科。1981年第四季度升格处级建制时，设置计划财务处，负责财务、统计、计划、基本建设等项工作。将总务后勤工作划归办公室管理。1984年6月计划财务处改称行政处，下设总务、基建、财务、膳食和新大楼管理5个科。

七、分支机构

上海商检局在外省市设置分支机构开始于民国18年9月，在浙江宁波设有上海商检局棉花检验宁波分处，检验出口棉花。同年10月又在南京设立上海商检局牲畜正副产品检验南京分处，检验出口蛋品。民国26年8月上海商检局停办。民国35年2月，上海商检局复局后，分支机构未恢复。

1949年5月上海解放后，于1950年6月起，在安徽省合肥、屯溪，在浙江省杭州、绍兴等地派有茶检工作组，对出口茶叶进行产地检验。1951年2月，设立上海商检局福州分处；同年7月，又在福建厦门设立厦门工作站。1953年2月起上述两处分别改为上海商检局福州商检处和上海商检局厦门商检处。至1958年3月福州商检局成立，上述两处即属福州商检局领导。1951～1957年期间，上海商检局在江苏、浙江、安徽3省各地派有驻厂、驻产地检验工作组共36个，分别检验出口茶叶、畜禽产品、生丝、绸疋、烟麻、柑桔等商品，其中人数较多、规模较大的为1956年8月在杭州设立的上海商检局杭州丝检工作组和1957年2月在无锡设立的上海商检局无锡丝检工作组。1958年以后，出口商品检验工作转移给当地生产、经营部门，杭州丝检工作组划归浙江省丝绸工业厅领导，1962年8月杭州商检局成立后又划归杭州商检局领导。茶叶产地检验工作组也分别划归当地茶厂或公司领导。1959年11月上海商检局南京商检处成立，无锡丝检工作组先归无锡市纺织工业局，后归南京商检处领导，1961年8月南京商检局成立，上海商检局南京商检处撤销。此后，上海商检局就没有在外省市设立分支机构。