上海商检局的管理部门，主要分为综合业务、科技、行政等部门，根据不同时期的工作需要，机构的设置、合并、分开，变动频繁，至1990年，管理部门共有6个处室，管理工作的范围较广，但都是以检验、鉴定工作为中心的全局性的或跨部门的工作，它们起统一贯彻、协调、平衡以及后勤保障作用。