1960年起，按卫生部规定，上海口岸进口食品监督管理由市卫生防疫站负责。60年代初期，进口食品主要为粮食，市卫生防疫站专设粮食组对进口粮船进行现场测定(主要测定急性剧毒物)及巡视监测，同时对仓库、场地进行急性毒理试验，确保进口粮食安全。

1975年，贯彻国务院有关文件规定，进口食品卫生监督检验转由上海卫生检疫所负责。经商定，1975年7月1日起,对外联系、现场监督(包括接受报验、登轮查验、采样理化检验、细菌检验、对外出证、发现问题交涉)移交给上检所;进口粮毒理试验、放射检验两项仍暂由市卫生防疫站负责。

1980年5月1日，根据卫生部《关于整顿加强进口食品卫生检验工作的通知》，重新把进口食品卫生检验任务划归市卫生防疫站，对外加挂“中华人民共和国上海食品卫生检验所”牌子。该所设监督组、理化检验组，专业人员14人，配备有各种精密仪器，能开展理化、微生物、毒理等项卫生指标测定。检验品种进口粮仍占第一位，还有奶制品、糖、食用油、可可豆、咖啡、食品添加剂等。

1990年1月，卫生部、国务院口岸领导小组下达《关于调整进口食品卫生监督检验机构归属问题的通知》，规定上海口岸进口食品卫生监督检验任务由市卫生防疫站移交上检所，加挂“中华人民共和国上海进口食品卫生监督检验所”牌子。上检所抽调食检人员28人(其中高级职称2人、中级职称7人)，成立进口食品卫生专家组，配备液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度仪等高精密仪器设备。当年，完成进口食品采样监督小麦104985吨，奶粉1269吨，监督中对超标食品作卫生处理或退货处理；进口食品理化检验198件、650个项目，主要为小麦、植物油、奶粉、糖、肉类、水产品及宾馆进口水样商品等，查出超卫生标准1件；毒理试验49件(主要为可可、下脚、小麦等)；微生物检验114件、563个项目，查出不合格样品3件。