1949年6月1日，上海海港检疫所由上海市军管会接管移交华东军政委员会卫生部。1950年,改名上海交通检疫所，军代表李鸿勋任副所长，设总务室、技术室、检疫股、蒸薰股、医务股、吴淞站，职工118人。1953年划归上海市卫生局领导。1957年改称上海卫生检疫所(以下简称上检所)，所长俞世泰。1980年,设办公室，检疫、卫生、检验、人事、总务5个科，机场、吴淞两个站。全所职工96人，其中大专以上27人、中专44人，占74％。

1990年，所部设办公室、人事处、业务处、传染病监测处、检验处、虹桥办事处及浦江卫生检疫所、吴淞卫生检疫所。职工198人，其中正副主任医师7人、主管医(技)师25人、医师及其他技师97人。高中级职称人数为解放初期的10倍。1990年6月，所址迁哈密路1701号，原址改为浦江卫生检疫所。1991年9月，改称中华人民共和国上海卫生检疫局，局长顾金祥。