民国19年(1930年)7月1日，国民政府卫生署在上海成立全国海港检疫管理处和上海海港检疫所，伍连德为管理处处长兼上海海港检疫所所长，开始由国人掌理检疫主权。上海海港检疫所初为20人，后增加到66人，在海关大楼办公，后迁九江路2号楼,民国21年6月又迁至北京路2号。越两年，在吴淞炮台湾增设吴淞检疫医院，配备有4艘检疫交通艇。

民国26年八一三事变后，中国防疫医院浦东部分场所被日军炸毁，检疫用船被扣，上海海关被日军强占。民国31年,上海海港检疫所改名为江海关海港检疫所，所址在海关一楼，日人古川实任所长，金乃逸任副所长，工作人员19～30人。民国34年8月抗战胜利后，国民政府派卫生署京沪区特派员姚克芳来沪接收江海关检疫所，恢复上海海港检疫所原名,归卫生署防疫司领导,初设秘书室、检疫科、蒸薰科、医务科、事务室，职工130人。民国35年先后设吴淞分所及吴淞检疫医院，在汉口路93号设海员门诊部。