一、区卫生防疫站

解放前，未设区级卫生防疫机构。1950年下半年，22个区卫生事务所一分为三，改建为区人民政府卫生科、诊疗站和卫生防疫站。区卫生防疫站受各该区人民政府领导，业务上受市站及国家卫生监督机构指导，设站长室、卫生组、防疫组、消毒组等组室，在生命统计试办区及血吸虫病流行区分别增设生命统计调查组及血吸虫病防治组。随着行政区划的变化，区站也作相应的调整。1990年，共有黄浦、南市、卢湾、徐汇、静安、长宁、普陀、闸北、虹口、杨浦、宝山、闵行等12个区站，内部设置基本与市站对应，共有职工1500人，其中卫技人员1147人。

二、县卫生防疫站

1958年，江苏省所属上海、嘉定、宝山、松江、金山、青浦、川沙、南汇、奉贤、崇明等10县划归上海市，逐步将县血吸虫病防治站改建为县卫生防疫站，崇明县无血吸虫病,另建新站。1989年8月，宝山县站与吴淞区站合并，成立宝山区卫生防疫站。县站内部设置基本与市站业务对口。1990年,9个县站共有职工1058人,其中卫技人员787人。

三、企业卫生防疫站

1950年4月，上海铁路局首先成立卫生防疫站，开展系统内卫生防疫工作。70年代，梅山冶金公司、海运局、港务局、上海石化总厂等卫生防疫站相继成立。80年代，航道局、长江航运管理局、民用航空管理局也先后成立卫生防疫站。其中石油化工总厂、梅山冶金公司、上海铁路局、港务局、海运局等5个卫生防疫站具有一定规模和相应设备，业务科室设置亦较完善；民航局、航道局、长江航运管理局等卫生防疫站的机构和业务科室设置不够健全。