1983年后，随着卫生改革的深入，上海出现非医疗部门办医的新情况。一些机关、部队、企事业单位、大专院校、社会团体、民主党派、街道集体和个人自筹资金举办面向社会的各类医院、门诊部(所)、疗养院等社会医疗机构，至1988年发展到235家(市区222家，郊县13家)。这些社会医疗机构虽发挥了一定的作用，但存在不少问题:有的未经卫生行政部门审批擅自挂牌行医；有的打着“一技之长”、“祖传秘方”的幌子，招摇撞骗；有的缺乏必要的医疗设备和技术骨干力量；有的管理混乱，医疗质量低下；普遍存在着乱收费现象。1989年4月，市卫生局就清理整顿社会医疗机构提出请示报告，经市政府同意转发至各区、县、局，明确各级各类社会医疗机构由各级卫生行政部门归口实行行业管理，重新申报审批。同年7月起，市卫生局先后制订《上海市清理整顿社会医疗机构工作实施意见》、《上海市社会医疗机构管理暂行规定》等一系列文件，规定社会医疗机构的性质、基本条件、申请和审批、执业管理、罚则等条款，经所在地卫生行政部门审批核发“社会医疗机构行医许可证”后方可向社会开放，对无证行医者予以取缔。同时，对全市235家社会医疗机构按医疗需求、合理布局、办医条件等进行清理,对拟续办并申报的107家进行集体会审、分级审批。至1990年年底，先后批准44家续办，其中医院14家，门诊部30家，共设病床594张。