1951年4月，市卫生局提出联合医疗机构的组织办法，并于1956年正式颁布《上海市联合诊所组织管理暂行办法》，界定此类机构的性质和任务。1958年，市区联合诊所按街道合并组建地段(街道)医院，郊县按公社、镇成立公社(镇)卫生院，其中80％以上属集体所有制。集体性质的地段医院、公社(镇)卫生院业务上接受区、县卫生局领导，经济上实行“独立核算，自负盈亏，工资福利浮动，民主管理”的原则，街道、公社、镇适当支助，国家给予少量任务补贴。此后不久，管理上混淆两种所有制性质、分配上平均主义、业务上忽视科学管理和规章制度的情况发生、发展，公社、镇平调卫生院的现象特别严重。1962年9月,市卫生局制订的《上海市联合医疗机构暂行管理办法》，明确“联合医疗机构是独立劳动的医务人员自愿组织起来的合作性质的社会卫生福利事业，是我国社会主义卫生事业组成部分之一”,“自筹的财富属于组成人员集体所有”;“联合医疗机构经济上实行独立核算，自负盈亏，民主管理”，“工资应贯彻按劳分配的原则”。对机构的业务范围、领导管理也作出相应规定。

“文化大革命”中，集体医疗机构的人权、财权和行政管理上的自主权再次遭到破坏，非卫生技术人员大批涌入，街道、公社、镇经济上很少给予支持，国家包得过多、统得过死，越办越穷。1978年，市卫生局先后制订《关于整顿和加强地段医院工作的请示》、《关于加强农村人民公社卫生院管理工作的请示》，要求恢复集体性质的管理体制，实行党支部领导下的院长分工负责制，健全以岗位责任制为中心的各项规章制度，建立技术考试和职称晋升制度等。1984年11月，经市政府批准，市卫生局印发《关于本市城乡集体所有制医疗机构改革的请示》，重申“独立核算、自负盈亏、按劳分配、民主管理”的十六字原则，并就人事劳动、经济核算、工资奖惩等方面的改革作出部署。当年全市经区、县批准进行改革试点的地段(街道)医院和公社(镇)卫生院计51所。翌年,逐步推开，普遍实行院长负责制和院、科(组)两级管理体制，建立职工大会或职工代表会议制度，定科室和定人员编制，试行聘请合同制和职工奖惩制度。1986年1月，市政府批复同意市卫生局《关于上海市卫生工作改革的几点意见》，再次强调集体医疗机构“实行在国家和集体扶助下的独立核算、自负盈亏、按劳分配、民主管理的办法”，对卫生行政部门的经费补助标准、医疗收费标准、业务考核和检查办法、职工奖惩等提出了原则意见。