上海最早创立的仁济医院，于光绪二十年(1894年)正式设置临床内、外科。光绪三十三年，广慈医院初建时亦设内、外两科。20年代后医院增多，小型医院一般设置内、外科；规模较大的医院增设小儿、妇产、口腔、眼、耳鼻喉(五官)等科；少数医院加设骨、神经、传染病、肺痨、泌尿、皮肤花柳科。医技部门一般设药房、化验室、X光室；少数医院加设电疗、病理科(室)。民国34年(1945年)，市卫生局颁布的《市立医院组织通则》规定:普通医院(综合医院)分设内、外、妇产、小儿、皮肤花柳、眼、耳鼻喉、牙、肺痨、骨科和X光、检验、药剂、物理治疗室，也可根据业务之繁简合并设立，并须报请市卫生局核定；专科医院以不分科为原则，但因业务上和性质上之必要，得呈准市卫生局酌设2～3科。此后，公济医院增设泌尿科，中美医院增设矫(整)形外科，中山、仁济医院增设胸外科，宏仁、广慈、红十字会第一医院、市立第二医院、第四医院等增设保健科。解放前夕，多数小型医院临床分设2～4科，医技分设2～3室(科)，有的医院不分科；部分医院临床分设4～8科，医技分设3～5室(科)；少数大型医院临床分设8～12科，医技分设4～6室(科)。

解放后，随着医学科学发展、装备更新和临床需要，业务科室不断增多。50年代，综合医院普遍建立护理部、门诊部、急诊室，增设中医、麻醉、理疗、防保科及手术、营养、供应室。市级综合医院和部分区、县中心医院逐步在内、外、中医科设立专病组。60年代，有条件的医院增设灼伤、伤骨、高血压、传染病、整形、儿外、神经外、职业病、病理、中西医结合等科，心脑电图、超声、内窥镜、同位素和多种功能检查室及血库。有些专病组扩建为独立的专科，并逐步发展形成各自的专科特色。

80年代，专业分科进一步细化。市级综合医院和部分区、县中心医院基本实现二级分科:内科普遍分设心血管、消化、呼吸、血液、内分泌、神经、肾病等专科(专业)；外科分设普外、胸外、骨科、神经、泌尿外科，有的医院加设心血管、显微、肝胆、颌面、肛肠等外科。区、县级医院的内、外科也分设相应的专科或专业组。医技部门增设激光、放疗、免疫、CT、核医学、电脑室。1990年底，市级综合医院临床设20～30科，医技设10～20室(科)；区县级综合医院临床设10～15科，医技设8～12室(科)；地段(街道)医院、乡、镇卫生院临床设5～8科，医技设3～6室(科)。全市各级医疗机构按照各自服务功能定位，初步形成科室齐全、结构合理、技术配套、发展特色的新格局。