上海市种子站建立于1957年8月，编制为5人。1958年又成立市种子公司，与站合署办公，编制扩大到22人。1961年，复又明确划分为两个单位，种子站负责粮棉油种子工作，种子公司负责蔬菜种子工作。1964年，市人委同意市农业局、市供销合作社《关于加强种子工作的报告》，明确种子站既是种子工作的管理机构，又是良种经营机构，统一经营本市和外地引进的粮、棉、油、绿肥等种子。蔬菜种子由市蔬菜公司经营。原经营蔬菜的种子公司和4个县的种子商店划出。市种子站编制由原来9人扩大到16人。1966年7月，由市农业局、市商业二局共同提出，经市人委农办同意，又决定将经营蔬菜的种子公司（包括原有人员、设备和资金）划归农业局领导；后因“文化大革命”开始，工作停止，机构瘫痪，没有实施。1972年6月种子站作为农业技术服务站内一个组，对外仍为独立站。

1975年1月28日，恢复上海市农业局种子站。1978年10月12日市革委会同意在站基础上成立市种子公司，为事业单位，实行行政、技术、经营三位一体。对内称种子站，对外称种子公司，由市农业局领导；业务受中国种子公司指导。1989年8月，根据国务院颁布的《种子管理条例》，经市编制委员会批准，增挂上海市种子管理总站的牌子，内部机构人员适当调整。

市种子站（公司）建立以来，在审定、引进、繁育、示范、推广粮、棉、油新品种，提高郊区农作物的良种覆盖率，供应和调剂县与县之间种子余缺，指导和建立良繁基地，完善贮藏、检测设施，帮助培训种子技术人员和负责种子的检验、检疫等方面，作出显著成绩，得到各种奖励19项，其中市（部）级科技成果一等奖1项，二等奖、三等奖各4项；委、办（局）级科技成果二等奖4项，三等奖6项。“油菜良种汇油50及其高产模式栽培技术推广”、“晚粳秀水04推广”、“小麦良种扬麦5号推广”是近年来获农业部丰收计划一、二等奖的项目。该公司的经理郑宗鹤，1990年被评为全国劳动模范。

市郊各县的种子站，建立时间先后不一。青浦、南汇、崇明县较早，1953～1956年就建立种子站。其余县则在1961～1963年建立。“文化大革命”期间工作也有几年停顿，1973年开始逐步恢复。1979年底起，各县都建立集行政、技术、经营于一体的种子公司。1989年起，也都增挂种子管理站的牌子，并适当调整内部机构和人员。