1979年6月，为适应全国开展第二次土壤普查工作的需要，在成立市土壤普查办公室的同时，市农业局建立土壤肥料工作站，编制为20人。1984年11月市土壤普查办公室撤销后，土壤普查任务由市土壤肥料工作站继续完成。

1986年10月，市土壤肥料工作站内从事肥料工作的8名干部和技术人员连同业务一同并入市农业技术推广站。1988年8月，在机构和职责任务调整中，市土壤肥料工作站从农业技术推广站划出，人员仍回原站工作，并独立行使其专业职能和自身的人、财、物管理。

市土壤肥料工作站建立后，在完成全市土壤普查的基础上，做了大量的综合分析和编纂汇总工作，出版了《上海土壤》、《上海土壤资源图集》、《上海土壤资源数据库》、《上海市土地利用现状调查报告》，其中获得农业部二等奖和三等奖各1项，市科委三等奖1项。撰写了不少具有国内水平的论文和专题报告16篇，在全国学术刊物或学术会议上获得了好评。同时在积累科技资料的基础上，开展应用项目研究，在推广科学施肥、增施有机肥和城市粪便利用调查等方面，也有4个项目获奖，做出了显著成绩。

市郊各县也都在1979年下半年建立了土壤肥料工作站，并投入全国开展的第二次土壤普查工作。各县农业技术推广中心陆续建立后，土壤肥料工作站也并入“中心”，对外仍保持以站的名称开展工作。