1956年1月，上海市农业局植物检疫站成立。1957年3月，将市农业局农业处内植保组并入，改名为上海市植保植检站。1965年3月，以对外贸易部上海商品检验局农检室和市农业局的植保植检站为基础，建立中华人民共和国上海动植物检疫所，主管上海口岸进出口动植物检疫业务。原植保植检站作为所内负责国内植物检疫和上海市植物保护工作的内设机构。该所受农业部和市农业局双重领导。

1965年5月，“文化大革命”开始后不久，大部分技术人员集中搞“斗、批、改”，植保植检工作处于停顿状态。1972年6月，市农业局成立农业技术服务站，植保植检人员从中华人民共和国上海动植物检疫所回归作为服务站内一个组。1973年10月，农业技术服务站撤销，植保植检业务归市农业局生产组。1975年2月，恢复上海市植保植检站。

1986年10月，市植保植检站的12名干部和技术人员，连同业务一同并入市农业技术推广站。同时，新设农药检定所。1988年8月，在职责任务和机构调整中，植保植检站从农业技术推广站划出，人员仍回原站工作，并独立行使专业职能和自身的人、财、物管理。

市植保植检站建立后，在病虫预测，掌握病虫消长动态，进行病、虫、草害调查，指导综合防治；执行《植物检疫条例》，开展植物检疫，消灭检疫对象；试验、示范、推广新农药、新品种，检测监督农药质量；编写技术资料，开展科普宣传和培训技术人才等方面成绩显著。从1980年开始，获得市和局级奖励的共有18项，其中获市科委科技进步二等奖、三等奖各1项；获市农委科技一等奖的1项，二等奖5项，三等奖5项，四等奖2项；获市农业局科技成果一等奖1项，三等奖2项。

市郊各县在1962～1963年，都相继建立了植保植检站，“文化大革命”期间工作有几年中断，1972～1974年重又陆续恢复。县农业技术推广中心建立后，植保植检站作为“中心”的组成部分，对外仍保持以站的名称开展工作。