上海古代的农业环境较为洁净。上海开埠后，随着工业的发展和人口的增加，农业环境受到污染。工业排放的“三废”（废水、废渣、废气）和城市居民的垃圾、生活污水转向郊区农村，使水质、土壤、大气受到污染。特别一些工业区和城郊结合部的农村，环境污染日趋加重。60年代以后，乡村工业的发展和农业生产中化肥、农药、除草剂使用量的增加，使农业环境污染更趋广泛与加重。80年代后大中型畜禽场的兴建，畜禽粪便又大都不作处理也不作有机肥，又增加了当地环境的污染源。

从60年代开始，上海加强了对环境的保护与污染的治理。逐步增添工业环保设施，兴建城市环保工程，对工业“三废”和城市生活污染源进行综合治理。80年代起，在关、停、并转部分污染严重厂点的同时，大力推广高效低毒农药和除草剂，停止有机氯等高残留农药的使用。随后又兴建近郊菜区引清灌溉工程和黄浦江上游大中型畜禽场粪便处理工程。在改善全市环境状况的努力中，郊区农业环境也得到改善。