上海近代农业科学研究机构，最早的是清光绪二十四年（1898年）建立的上海育蚕试验场。民国时期，相继出现棉作试验场、棉虫研究所、农学研究所、松江县农业改良场、江苏省稻作试验场、农事合作试验区、上海市立农事试验场、中华棉产改进会、太嘉宝农事改良研究室以及植棉改良委员会、农林部棉花改进处上海分处、中国合众蚕桑改良会等一批农业科研机构。抗日战争期间，这些机构绝大多数被迫先后搬迁或停办，个别的维持到上海解放后由人民政府接收。

解放以后，上海逐步建立起农业科学研究机构。在1956年，成立农业试验站及以后又成立农业机械化研究所等的基础上，于1959年成立上海市农业科学研究所，1960年4月改名为上海市农业科学院（简称农科院），下设7个专业研究所。1963年，市农科院在金山、奉贤和崇明3县成立了地区试验站，并在上海县的马桥、嘉定县的徐行和松江县的佘山建立综合试验基点。中国科学院系统的上海植物生理研究所，是在民国33年（1944年）5月建立的中央研究院植物研究所的基础上，于上海解放后改为现名的。上海昆虫研究所建于1959年。上海农药研究所建于1963年。。

“文化大革命”期间，上海各级农业科研机构，都程度不同地受到冲击和破坏，一些专业所和试验站、基点相继撤并，许多科研活动被迫停止，影响了农业科研的发展。

1978年春，全国科学大会后，上海农业科研机构又得到了恢复发展。同年，原属市农科院领导的农业机械化研究所划归市农业机械工业局领导，改名为上海市农业机械研究所。上海市农场管理局农业机械研究所和上海市园林研究所也于1978、1979年先后成立。80年代，市农科院科研力量有了加强，新建了科技情报所、生物技术研究中心等4个单位。至1990年，全市农业科研院所共有28个单位，其中县级20个，市级6个，中央在沪单位2个。此外，上海农学院、华东师范大学等与农业有关的高等院校，也设有农业科研机构。在各级政府领导下，各农业科研单位机构的规模、人员、经费和设施等条件，不断得到充实和发展，研究任务不断扩大，研究水平逐步提高。据1989年市农科院（含下属各研究所）以及1988年各县农科所、农机（具）所共21个单位统计，有科技人员999人，总经费1499.2万元，分别是建立时的4.9倍和12.2倍，共取得县级（含县）以上单位鉴定的科技成果906项，其中市农科院436项，县农科所、农机（具）所470项。