解放前，上海地区对粮、棉、油的种子基本上没有开展经营活动。农民生产用种主要靠自留。农民之间也有种子余缺调剂，但比例不高，一般在邻里或亲朋好友之间互相串换，串换方法也很简单，以等量种子或以粮换种子的方式进行交换。

解放后，种子工作实行部门分工的体制，由市、县粮食部门开展粮食作物种子的经营工作，由供销部门经营棉花种子和绿肥种子。农业部门负责种子收购计划和种子质量检查。1950年，南汇县的泥城区和奉贤县的奉城区供销社在市郊首先开始经营棉花种子，收购良种的价格政策，由中央贸易部、农业部统一规定，加成4％。加成的资金由国家计划拨款。由于市郊供应的棉花种子数量不大，因此棉花良种的经营体制一直维持到80年代，只在良种棉籽加成政策上作过调整。50年代粮食部门经营的粮食作物种子，由于当时的条件限制，中央粮食部的种子专项拨款仅仅可经营一部分备荒救灾种子，因此经营的种子数量少，种子的质量比较差，良种也不分等级。1958年后，市郊许多人民公社以大队为单位建造种子中心仓库，集体经营种子，实践结果，脱离实际，种子调剂供应跟不上，给农业生产带来不少影响。

由于粮食部门经营种子与农业部门推广良种的体制，存在着经营粮食种子与发展粮食生产脱节的矛盾。农业部门为了加速市郊良种推广，要求生产部门多繁良种，而粮食部门经营良种数量增多，定额拨款无法满足良种经营的亏损，出现良种收购越多、亏损越大的现象。因此，在60年代初期，市种子管理部门在上海、宝山、南汇3个县建造种子仓库，开展由农业部门自行落实良种繁育计划、自行收购供应良种的改革试点。经过几年实践，收到一些效果。但农业部门经营种子无法供应周转粮，流动资金无法从根本上解决，结果仍恢复到50年代农业部门制定良种收购计划和加成政策、粮食部门实施良种收购和供应的老路。经农、商部门共同努力，调整良种收购政策，采取分等加成、优质优价，促进了良种质量的提高。60年代的市郊良种收购价格是：水稻和三麦的一级良种加成10％，二级良种加成5％。1974年，调整为：水稻和三麦的原种加成20％，一级良种加成15％，二级良种加成12％，三级良种加成5％；棉花原种一代加成100％，二代加成70％，三代加成50％；油菜一级良种加成15％，二级加成10％，三级加成5％；玉米杂交种加成比例显著高于稻麦良种。

中共十一届三中全会后，调整了本市的良种经营体制。1979年开始，粮、油、棉作物的良种改为由市、县种子公司统一经营，确定良种经营不赔不赚的原则，采用合同形式，做好良种预约繁殖、预约收购、预约供应，良种供应比收购价高出7％，作为经营管理费用。备荒种子由农业、粮食、供销部门共同制定计划数量，仍由粮食、供销部门收购、保管、供应。1984年后，粮食、油菜的原种加成费率调整为40％；一级良种调整为30％，二级良种为20％，三级良种为10％。粮、棉、油作物良种的经营管理费调整为10～12％。良种生产者和经营者都有利可图，调动了各方面的积极性，提高了良种的质量，加速了良种的生产和推广。80年代，市、县两级良种的销售量达13811万公斤。其中销售粮食作物良种12015万公斤，油菜良种80.5万公斤，棉花良种837万公斤，绿肥良种144万公斤，蔬菜瓜果良种734.5万公斤。1986年开始，扭转良种销售亏损的局面，80年代后期累计盈利63万元。