上海地区的土壤肥料，与农业特别是水稻生产的起源及其发展相连。据春秋战国时期的《尚书·禹贡》中记载，上海地区主要土壤为“涂泥”（海滨涨沙含盐量较高的泥土）。南宋时期的《陈旉农书》（1149年），提出了“地力常新壮”的理论，指出“土壤以粪治之，则益精熟肥美，其力当常新壮矣”。清代的《浦泖农咨》中记述了养猪与肥田的关系：“棚中猪多，囤中米多，是养猪乃种田之要务也，岂不以猪践塮壅田肥美，获利无穷”。在漫长的历史进程中，上海地区的土壤肥料经历了由火耕水耨、撩荒种植的自然恢复地力，到改良土壤、合理施肥的人为培肥地力过程。现上海郊区，水旱交替耕作的各类水稻土，仍占总耕地面积的81.57％；而粮食与经济作物的施肥，则由过去的以绿肥、粪肥、饼肥、河泥为主，逐步演变为以化肥、复混肥、配方肥加上秸秆还田为主。

上海地区的土壤，因受江、海、河、湖的影响，是由沼泽潜育土、草甸土和盐渍草甸土等类型起源的。经过劳动人民长期的耕垦与改良，都已成为良田沃土，具有较高的生产力。解放以后，经过两次全面的土壤调查，摸清土壤的类型、性状及其肥力，进行质量等级评价，为因土施肥、改良土壤提供科学依据。对于土壤的改良，主要采取四种形式：一是治水改土。通过兴修水利，平整土地，改造低洼地、盐碱地和高亢地。二是深耕（或免耕）改土。70年代以前，通过深耕晒垡，翻土捣泥，改善土壤的结构和性能；自80年代以来，则推广免耕或浅耕灭茬，保持土壤的性状和肥力。三是轮作改土。通过用地与养地（种绿肥）、粮食作物与经济作物、水作物与旱作物的轮作换茬，改良土壤。四是施肥改土。通过使用有机肥、秸秆还田与合理施用化肥，稳定并提高土壤中的氮磷钾及微量元素的含量。

上海地区的肥料，在解放以前几乎全部施用农家有机肥料。主要是冬绿肥、河泥，其次是以猪塮为主的畜禽粪肥，也有少量的饼肥；化学肥料的使用始于清光绪三十二年（1906年）。解放以后，随着养猪数量的增加、水生绿肥的开发和城市大粪、垃圾的利用，有机肥使用量不断上升。按折猪塮平均数计算，亩均施用量由解放前的1吨依次提高到50年代的1.5吨、60年代的2吨和70年代的2.5吨。与此同时，化肥的使用量也呈同步增加。按折纯量平均数计算，亩均施用量由解放前的基本不用依次提高到50年代的1公斤、60年代的5公斤和70年代的10公斤。80年代以后，猪塮等有机肥施用量逐年下降，为秸秆还田所取代，而化肥的亩均施用量则继续提高到15公斤，并不断扩大复混肥和配方肥的施用面积。