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上海的药用菌生产，集中在市郊乡、村两级集体经营的菌种厂。生产的灵芝子实体和猴头菇、安络小皮伞的菌丝体作为药材部门和中药厂的原料。1990年，药用菌产量为39.3万公斤。
一、灵芝
1969年，嘉定县马陆乡第一牧场瓶栽灵芝试验成功，生产起步。1971年成立上海市灵芝生产、制药和临床应用协作组，推动了灵芝生产。1981年，全市年产灵芝干品18.3万公斤。1983年后，因供过于求，价格下降，生产回落。1984年，全市灵芝产量下降到6000公斤。1985年，根据市药材公司的需求，开始实行计划生产，以后几年产量稳定在2～3万公斤。
二、猴头菇
1975年2月，嘉定县马陆乡开始猴头菇试验性生产，1977年正式投产。主产区在嘉定县。1980年，年产量12万公斤，产值50万元。1987年生产85万公斤，产值173万元。1987后，实行以销定产。1990年，生产19.65万公斤，产值125万元。
三、安络小皮伞
1981年，从广东引入上海市郊生产，数量很少，集中在嘉定县马陆乡。
另外，对冬虫夏草、天麻等药用菌也曾有过试验。
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