棉花始种以来，上海采用的棉花品种都是亚洲棉（中棉）。上海地区种植的棉花地方品种很多，上海县有黑籽、白籽、青梗、红梗、通棉、紫棉、红梗鹰爪、红梗鸡脚等。嘉定县的棉花主要品种有羊毛白、江阴白籽、硬籽等。崇明县的棉花品种除黑籽外，还有白花、紫花、青茎鸡脚等。另外，还有北新泾种、龙华种、浦东种等等。

亚洲棉各个品种的质量，以黑籽棉品质最佳，纤维长度在0.63英寸以上，质软，有乳精色，可与短绒美棉媲美。主要产地在崇明。其次为白籽棉，纤维长度在0.81英寸左右，乳白色，微带丝光，稍柔软，嘉定、上海、宝山、川沙、奉贤、南汇、金山等都有种植。20世纪初，上海法华乡的墨梗棉，每百斤籽棉出衣40余斤，纤维性柔，棉铃壳薄，很受欢迎。

清同治四年（1865年），从美国引种陆地棉，是全国最早引种陆地棉（美棉）的地区。清代末年至民国初年，又多次引种陆地棉。如清末嘉定县娄塘乡印有模赴美考察，带回美棉种籽，供家乡农民试种，多数因不明种性而失败。

本世纪20～30年代，上海华商纱厂联合会及国民政府农林部棉产改进处在全国各地推广陆地棉，本市各县相继扩大试种。民国30年（1941年），本市种植陆地棉3786亩，皮棉总产16.9吨。民国36年，南汇、嘉定、奉贤、宝山、川沙等县种植德字棉、柯字棉、岱字棉等陆地棉5.76万亩。翌年，本市种植的陆地棉上升到26.81万亩，占棉田面积的14％，总产皮棉4681吨。

解放初期，本市棉花品种仍以亚洲棉为主。1952年从美国引进“岱字棉15号”。该品种产量高，品质好，郊县组织技术人员做好技术推广工作，栽培面积迅速扩大。至1955年普及，替代中棉和其他陆地棉，成为当家品种。

60年代初，市、县农业技术人员从岱字棉系统中选育新品种，先后选出613、奉160、宝棉13、宝棉114、上棉一号、沪棉204等新品种进行试种。70年代初，奉棉160在奉贤县，宝棉13在宝山县，上棉一号在上海县，都成为主要种植品种。其他各县主要种植岱字棉15号和沪棉204。到70年代末，上海市原种场朱龙法等育成沪棉204，株型紧凑，中下部结铃性强，衣分高，吐絮畅，适应性好，种植面积不断扩大，成为郊县棉花第二个当家品种。以后，农技人员又选育出崇棉249、沪棉479及抗枯萎病的崇抗55，其中崇棉249成为崇明县的主栽品种。80年代，由于种性退化，枯萎病日趋严重，从江苏引进一些高产抗病品种，如9101、泗棉2号、盐棉48等。至1987年，沪棉204、岱字棉15号及泗棉2号成为郊县棉花主栽品种。

1966年，上海市属五四农场首先种植长绒棉（海岛棉），品种为长605，种植20亩，平均亩产皮棉30.2公斤。至1971年，长绒棉在全市12个国营农场都有种植，品种为米—10，共播面积12431亩，亩产皮棉11公斤。1978年，面积下降到5518亩，亩产皮棉46.5公斤。郊县从1971年起也种植长绒棉，因长绒棉易疯长，花工多，产量低，至1979年不再种植。

1983年开始，郊县试种无毒棉（无腺体棉、低酚棉），因综合利用没有解决，至1987年停止种植。