50年代～80年代前期，上海医药行业对财经纪律、会计制度、税收政策等方面的违章违纪行为，通过财务稽核进行事先抵制或事后纠正。1984年9月，根据《中华人民共和国宪法》第91条和1982年8月23日国务院《关于建立审计机关的通知》，上海市医药管理局开始在局财务处内设专职审计员。1990年2月9日，正式建立上海市医药管理局审计室。4月4日，制订《上海市医药行业内部审计工作实施办法》，并组建基层单位的审计机构。至1990年底，局系统有53个单位成立审计科(室)，审计人员71人，其中专职审计员14人，具有中级职称以上的35人，大专以上学历的48人。

厂长(经理)离任经济责任审计　1987年4月17日，上海市医药管理局根据《全民所有制工业企业厂长工作条例》，下达《关于开展厂长(经理)离任时经济责任审计的意见》。1987年11月对上海医械模具厂，1988年10月对上海医用激光仪器厂，1989年9月对上海制药机械三厂，1989年11月对信谊药厂，1990年3月对申光制药厂，1990年4月对上海医用诊察仪器厂，1990年7月对上海合力医疗器械厂，1990年12月对上海医用电子仪器厂，开展16次厂长离任审计，审出虚盈实亏，产品短缺，帐帐、帐表、帐物长期不符，对有关人员作出相应处理。对于离任审计中发现的共性问题，如利润计算不实、财产物资不实、三产和联营应分利润不及时归帐以及财务监督不力等，分别制订了纠正的措施。

停缓建项目审计　1989年12月，为了压缩固定资产投资，对停缓建项目进行跟踪审计。上海市医药管理局列入停缓建项目15项，压缩总投资9074万元。其中：上海市医药公司仓库及生活用房由上海市审计局审计，其余14项均由局负责跟踪审计。通过审计，9项停建项目压缩总投资964万元，停建项目总建筑面积5550平方米，5项缓建项目压缩总投资7756万元，缓建项目总建筑面积为58820平方米。对于停建项目原已投资的45万元物资，采取专项管理措施，将停缓建项目的损失压缩到最低点。

承包经营责任制审计　1989年2月，根据上海市审计局《关于承包经营责任审计分层次审计分工及有关事项的通知》，确定上海玻璃厂、上海第三制药厂由局审计。采取局审计员、工厂内部审计员和立信会计事务所第一分所三结合的形式，以立信会计事务所第一分所为主审。至1990年3月，经审计的上海玻璃厂，在全厂生产车间全部实行承包制，当年新增企业留利82.82万元。

定期审计　1990年5～10月，局审计室对局属行政事业单位与挂靠局和有关处室的社团计10个单位的财务收支进行一年一度的定期审计。审计发现财务收支中普遍存在自定收费标准、自定收费项目、自定开支范围的现象，加重了企业的负担，且缺乏严格的财务管理。针对“重收轻管”的问题，上海市医药管理局制定了《关于加强挂靠局和有关处室的协会、学会等社团收费和开支管理的规定》，上述问题得到有效纠正。

经济效益审计　1990年4月～年底，对大中型企业上海医疗器械厂、上海医用激光仪器厂、上海医用电子仪器厂、上海医用核子仪器厂进行5户次的审计，增加效益800余万元。对上海医用仪表厂、上海第二制药厂、上海第六制药厂等4家企业调整产品结构、开发适销产品进行内部结构审计，提高经济效益120余万元。对15个项目的竣工决算审计，查证高估冒算的总金额500余万元，予以纠正，受到企业欢迎。