民国15年(1926年)11月,五洲固本皂药厂(简称五洲药厂)成立研究部,招聘人才,逐步发展成为有工程、化学、药物、编译四个部门组成的科研机构。民国19年,中央工业试验所(其中部分是今上海医药工业研究院前身)由国民政府实业部在南京建立,这是一个官办的综合性科研机构。民国24年,新亚化学制药股份有限公司(简称新亚药厂)建立新中化学药物研究所。研究范围涉及药理、化学合成、药物分析。先后研制成新消梅素、抗痨素,并对维生素乙、维生素丙的合成技术进行研究。民国25年,九福化学制药股份有限公司(简称九福药厂)建立伯庸药物研究所,招聘国内药学专家和沪上名医为顾问,研制治疗药和滋养饮料。民国26年8月13日,日本侵略军进攻上海,中央工业试验所迁往四川重庆北碚,该所留美化学博士杨树勋不愿随迁,8月15日在自己寓所建立杨氏化学治疗研究所,研制成新惜花散,随后开始研究生物药品。民国29年4月,信谊化学制药厂股份有限公司(简称信谊药厂)建立化学药物研究所,聘请大学毕业生充实科技力量。该年年底,磺胺噻唑原料在该所林世谨博士领导下研制成功,消治龙成药问世,成为当时市场上首选消炎药物。民国30或31年，中国通用化学股份有限公司(简称通用药厂)建立研究所,先后研制成甲酚磺酸钙、巴比妥、异戊巴比妥、己烷雌酚、磺胺脒、盐酸组胺酸等药物。民国32年,中法药房制药厂在原化工实验室基础上,建立中法生物化学研究所。此后至民国33年,大丰化学研究所、中联药物化学研究所、华生药物研究所、中国特效成药研究所、同仁注射药研究所等科研机构相继建立。民国34年8月,抗日战争胜利后,中央工业试验所迁回南京,同时在上海设总办事处和3个试验馆,承担各专业科学研究。民国35年,美国大量战争剩余物资包括西药倾销中国,给民族制药工业沉重打击,西药科研机构也随之陷入沉寂。民国37～38年,亚光药物化学研究所、民生实验治疗研究所等先后成立,但均因难以维持而终止。

[五洲固本皂药厂研究部]

上海解放后,1949年6月1日,财政经济接管委员会接管国民党政府经济部中央工业试验所,成为上海市军事管制委员会中央试验所,所长徐名材，所内设工业分析、电工、热工、发酵、食品、陶工、纯粹化学、油脂、纺织、印染、皮革、电子等研究组。1950年,建立华东人民制药公司青霉素实验所,由童村负责,开始进行青霉素的研究试制工作。同时，该所由郭鸿运等建立合成药物研究室,开始磺胺类药物的研制。1950年12月,中央试验所定名为中央轻工业部上海工业试验所。1951年,信诚化工厂设实验室,对化工制药原料的工艺进行探索和研制。1952年,海普药厂建立中心试验室,试制针剂产品。1954年,五洲药厂建立研究组,主要研制解热镇痛和抗结核药物。同年,九福药厂设立承担研究任务的技术科,将试验室并入,研制片剂产品。1955年1月,轻工业部国营上海第一制药厂药物研究室并入轻工业部上海工业试验所,同时轻工业部上海工业试验所划出食品研究组,接办国营上海第三制药厂研究室,成立抗生素研究室。1956年,信谊药厂建立中心试验室、通用药厂建立试验室、天丰药厂建立试验组。1957年2月12日,由化学工业部决定,将上海抗生素研究所、化学合成药物研究所、生物化学药物研究所、药物制剂研究所合并,成立化学工业部上海医药工业研究所,所内分设抗生素、化学合成药物、生物化学制品、药品制剂、化工设计、分析等6个研究室,于3月1日正式成立,所址设在北京西路1320号。研究任务是开发抗生素和化学合成新药,特别是抗血吸虫病药物。1957年4月27日,上海第一制药厂建立中心试验室,重点研制针剂和原料药。1957年12月,全国医药生产供应技术革命经验交流会在上海召开,中共上海市委书记魏文伯要求“制药工厂应千方百计设法生产医药原料,发扬小厂办大事,土洋结合,自力更生精神”。1958年,新建中试室或试验室的有中华制药厂、新亚药厂、万代制药厂、人和化学制药厂、爱尔康化学制药厂、志卫制药公司、中国药物化学制药厂、济众堂药厂。1959年,上海第二制药厂建立试验室；上海生物化学制药厂建立中心试验室,开展生化药物的研制。1959年末,科研机构25个,科研人员1127人。

1960年,华联药厂建立试验室,进行激素药物的研制。1961年2月13日,化学工业部通知,为适应医药工业发展的需要,将上海医药工业研究所改名为上海医药工业研究院。同年,五洲药厂、通用药厂建立中心试验室；上海新泾制药厂建立实验室,主要研制磺胺类及抗精神病药物。1962年4月,利民药物研究所并入通用药厂中试室。1962年,上海第三制药厂建立中心试验室,下设选种、发酵与试验、化学提炼、分析检定、新抗筛选、自动化、检修等组,主要进行抗生素药物的研制。同年,上海第二制药厂、泰山有机化工厂、九福药厂建立中心试验室。1963年5月,上海第四制药厂建立中心试验室,设合成、选种、发酵、提炼、分析、生物效价等组,确定以生物技术、半合成青霉素、氨基糖苷类抗生素为研究方向。1965年,上海第二制药厂扩大中心试验室规模,增设药理、情报、分析三个部分。是年,华联药厂建立抗肿瘤药物研究室。“文化大革命”初期,科研机构大多被撤销,科研人员大部分下放生产第一线。1967年,仅有上海第一制药厂留下合成和制剂两个组,承担试制长效维生素B₁的军工任务。新亚药厂在科研机构撤销后成立了以研究制剂工艺和加工制剂产品的小产品组及创新组。1969年，上海第六制药厂成立军工研究组，研究抗高山缺氧药；后又成立693小组，研究治疗抗辐射药物的筛选。同年3月,上海第五制药厂(原五洲药厂)成立军工组,也研究抗辐射药物,1970年又设避孕药组,研究计划生育用药。1970年,黄河药厂(原九福药厂)成立创新组,主要试制中西药结合的片剂。1971年,上海第五制药厂成立车间试制组,试制头孢力新、强力霉素、喜树碱和羟基喜树碱。1971年6月,上海第十八制药厂(原爱尔康化学制药厂)成立新产品试制组,研制治疗心血管疾病的中草药制剂及其复方制剂。1972年,上海第七制药厂(原信谊药厂)成立创新组,开展中草药制剂的研究。“文化大革命”结束后,1977年,上海第一制药厂恢复中心试验室。1978年3月20日,上海医药行业内第一家厂办研究所上海第十二制药厂(原华联药厂)抗肿瘤药物研究所成立,设合成、药理、分析、军工、制剂、工艺、中试、电子仪器、玻璃仪器维修、图书资料等10个组,一个学术委员会。同年,上海第二制药厂合成药物研究所成立，上海第五制药厂恢复中心试验室。1978年9月,上海第三制药厂抗生素研究所成立。设有遗传育种室、发酵组与试验车间、化学合成室、分析组、药理组和检修组。1979年,黄河药厂恢复中心试验室；上海第七制药厂恢复中心试验室,设针剂、片剂、营养补剂、气雾剂、眼药水、释放度、中草药、回收、药理等组；人民药厂(原信诚化工厂)中心试验室与技术科合并；上海第八制药厂(原新亚药厂)恢复中心试验室。1979年,上海医药科研人员2100余人。1980年3月,上海延安制药厂制剂研究室成立。该年,上海第九制药厂恢复中心试验室，天平药厂建立中心试验室。1981年,上海生物化学制药厂建立中心试验室。1983年,上海葡萄糖厂建立中心试验室,淮海药厂成立中心试验室。1984年,中西药厂建立中心试验室,开展除虫净、灭净菊酯、氟氰菊酯、盐酸胺丙啉及其增效剂、气雾菊酯等产品的研究。1985年,长征制药厂建立中心试验室,研究大输液制剂。1986年1月,上海兽药厂建立上海兽药研究所,研究兽药、兽用饲料添加剂。1989年4月24日,中西药厂建立中西药物研究所,成员43人。

[上海第三制药厂抗生素研究所(1990年)]

1990年末,上海医药科研机构有专业研究院1所,工厂科技机构42个,其中厂办研究室、所28个。科技人员1416人,其中高级工程师230人,工程师483人,助理工程师601人,技术员102人。