上海在古代已有随诊给药、行医卖药的中药商。至清嘉庆二十五年(1820年)，在花衣街、小东门、大东门一带先后开设的中药店20余家,在川沙、奉贤、南汇、松江、青浦等开设的中药店10余家。

道光二十三年(1843年)上海开埠,教会医院设立,西药的需要增加。至光绪十三年(1887年),在上海开设的外商药房12家,洋行兼营西药的8家。光绪十四年六月初一日(1888年7月9日),原在大英医院工作的顾松泉在福州路开设上海第一家民族资本中西药房。至宣统三年(1911年),有外商药房24家,兼营西药的洋行22家,华商药房28家。外商、华商药房以经营西药为主要业务,还兼营医疗器械、化学试剂、玻璃量具以及化妆品、照相材料、罐头食品、烟酒糖果等。

上海开埠以后,人口逐渐增多,中药商业随之兴盛。道光三十年,嘉兴嘉广生药材行迁入上海营业,从此上海出现了中药材批发商行。咸丰十年至光绪十九年(1860～1893年),苏州雷允上药号、宁波冯存仁堂药号、广帮药店鹿芝馆、汉口蔡同德药号、广东郑福兰堂药号等先后在上海开设分店。从原药店经营业务中又分离出经营人参、鹿茸、银耳等补品的参茸行业,光绪三十二年,上海有专业参店15家。上海的中药商业逐渐形成国药店、药材行、参店3个自成系统的独立经营模式。

民国3年至7年(1914～1918年)第一次世界大战期间,进口西药来源中断,日本药品输入增加，增设的日商药房有10家。华商药房因西药价格暴涨,储存商品获得了高额利润。大战结束后,外商药房有所发展。民国8年五四运动以后,反帝爱国运动中人民群众抵制外货,为华商药房发展本牌药创造了条件,华商药房从制销本牌药中获得厚利,累积资本,为西药商业发展打下基础。

第一次世界大战前后,医疗器械、化学试剂、玻璃仪器等商业也有所发展。德商英商等洋行和日本齿科商社发展经营进口医疗器械、玻璃仪器业务。民国3年、民国10年,华商裕震兴齿科材料行、耀昌医疗器械行先后开设。医疗器械逐渐成为独立经营的商业。

民国19年以后,外商药房由于政治局势影响,且因开支过大,经营能力不敌华商药房,营业萎缩而陆续改组或歇业。民国25年,外商药房存75家,而华商药房有166家。华商药房的资本总额754.4万元,营业额4150.9万元,盈余264.4万元,职工2012人；其中15家大药房资本总额占全行业资本总额的79％,营业额占全行业68.3％。大药房直接向国外厂商订货或向洋行进货；自己设厂制造本牌药品,以市内外中小药房和西药行为主要批发对象,也向全国各大医院、军队单位、市内烟纸店批售,有的大药房在港澳、东南亚等国家和地区设立分销处；在本外埠广设分号,在国内20多个省的商埠有领牌联号近200家,销售他们约定的本牌药品,业务经营范围颇为广阔。民国25年前后,经营化学试剂的有中英、华美、集成等药房,此外还有科学仪器馆、实学通艺馆等,其中华美药房、大中西药行,居化学试剂经营业务的领先地位。但尚未形成独立的化学试剂、玻璃仪器行业。

民国26年,日本侵略军入侵上海,许多中小型药店、药房遭受战火袭击,损失惨重。民国27年10月以后,沦陷区扩大,人们逃避战乱,上海租界人口激增,同时各地游资也大量涌入,药价不断上涨,囤积投机之风日炽,药品被视为投机筹码,不少人投资开药店、药房和药行,此期正常商业经营则陷入困境。中药资源被日伪官商垄断控制,日商蒙疆公司、满洲汉药株式会社包揽东北、华北出产的中药材产销；华中生药统制组合操纵关内药材资源；三井洋行包揽朝鲜人参销售等。西药商业在上海租界陷入“孤岛”后,药品进口来源阻断。民国30年12月,太平洋战争爆发后,日本侵略军进入上海租界,先后对英美籍药商实行军管。民国31年3月,侵略军以军用物资名义,向西药业同业征收200多种原料药,总值1000余万元,并限期查报存量。4月,日本兴亚院成立华中药品统制联合会,民国32年8月,汪伪成立商业统制总会,规定24种药物货源由苏浙皖、上海、南京移往华北、蒙疆、华南、汉口等地须办理“物资移出许可证”。民国34年8月,抗日战争胜利初期,上海外围交通渐次恢复,货源开通,中药材批发市场一度趋向活跃,零售市场也有所好转。此时美国西药源源输入,其他欧洲各国也恢复对上海出口,西药紧张程度缓和,投机活动有所收敛。但是,由于货币贬值,物价飞涨,投机之风复炽。民国35至36年,医药市场出现大批掮客,投机哄抬,议价成交。民国36年,增设的药房、西药行有46家。民国37年,增设45家。中药行、中药店也纷纷开设。至民国38年,药店增至778家。在通货膨胀、药价暴涨、囤积居奇、投机操纵之下,正常的医药商业受到打击,经营萎缩,业务萧条,帐面虚盈,明赚暗蚀,实际资本下降。有些商业户不能维持,关闭歇业,如号称“七大行”之一的元丰润药材行、慎大药材行宣告倒闭歇业。至上海解放前夕,先后有34家药材行、20余家中药店、26家参店、26家西药行关闭停业。

1949年5月上海解放,上海市军事管制委员会指令接管国民党官僚资本医药企业。6月,成立中国西药公司筹备处,上海开始建立国营医药商业。西药公司成立后,负责处理接管的医药物资,收购国内药厂产品,供应部队、卫生机关及公立医院,稳定市场及监督管理有部分敌伪股份的中西药房。1949年10月,中国土产公司上海分公司设立药材股,兼营中药材业务。1950年2月,中国西药公司正式成立；4月,中国西药公司划归中国进口公司华东区公司,成为该公司的西药部；5月,西药部划给华东人民制药公司,成为该公司西药商品购销业务部。1951年,华东人民制药公司改组为中国医药公司华东区公司。1952年,“五反”运动后,国营医药商业掌握了大部分货源,国家劳动保险条例颁布后,公费医疗机构和联合诊所相继设立,医药卫生事业迅速发展,中西医药市场日趋活跃,国营医药商业不断发展壮大。1952年9月,中国医药公司华东区公司改组,10月成立中国医药公司上海分公司(后改为上海市医药公司),经营西药、医疗器械、化学试剂、玻璃仪器业务,负责上海市场和附近地区的医药商品供应业务。1952年11月,成立中国医药公司上海采购供应站,负责收购国营和私营药厂、医疗器械厂、化学试制厂等的产品,并担负供应全国的二级站调拨任务。1953年下半年开始,国家加强对私营批发商的限制改造,实行替代私营批发商的政策。国营医药商业执行对私营中西医药商业、医疗器械、化学试剂、玻璃仪器私营商业的社会主义改造任务。国营商业通过扩大加工订货,掌握了主要货源,控制批发市场,加强对私营批发商管理,使私营零售商向国营商业靠拢,国营商业代替私营商业批发业务。1953年11月,在南京东路设立中国医药公司上海分公司第一门市部(后改名上海市第一医药商店)。1955年1月,成立中国药材公司上海市公司,负责中药的采购销售业务。至此国营医药商业基本上控制了上海中西医药市场。

1956年1月,私营医药商业全行业公私合营。公私合营后,对全市中西医药零售商业、医疗器械商业进行整顿改造,建立中西医药商业区店和中心店,调整零售网点。经过撤并改组,药房从296家调整为242家,中药店的布局也作了调整,设立了国营专业化学试剂商店,成立公私合营医疗器械商店、齿科材料商店和玻璃仪器商店。

1953至1957年,上海医药商业在调整健全经营机构的同时,经营业务加速纳入社会主义计划轨道,实行医药商品全面统购包销、分级分类管理和三级调拨制度。担负国家给予上海医药商业大力支援全国医药商品的任务；承担全国各地重大灾害事故等的药械组织供应。1958年2月,成立上海市化学试剂公司,专业经营化学试剂。1958年“大跃进”,中西药、医疗器械、化学试剂商业有较大的发展,但也出现了较大的反复。“大跃进”中盲目跟踪各地的要货计划,1958至1960年,收购金额猛烈上升。1960年，上海市化学试剂公司改建为上海科学用品采购供应站(1963年3月，又改组为上海化学试剂采购供应站)。1961年以后,全国要货锐减,收购剧烈下降。高指标盲目收购和市场大起大落,商品大量积压,部分商品霉变锈损、残次变质,造成重大损失。1962年以后,进行处理,仅上海医药采购供应站和上海化学试剂采购供应站2家核销报损商品金额达7250万元。1961至1963年三年调整中,上海医药商业积极加强购销计划管理和收购商品的质量管理,大幅度调低商品流转计划和调整经营品种结构,积极发展原料药、工艺比较繁复的药品和比较高精的医疗器械的收购和调出,扩大化学试剂经营品种,开拓野生药材资源引种家植,挖掘中药的民间验方、研究发展中成药品种等等。

“文化大革命”初期,医药商业经营业务受到严重干扰。参店改售中成药和家用药品；西药经营特种药品被批判为“崇洋迷外”、为“资产阶级老爷服务”,专业商店关闭改组；中药炮制规格简单化；农村批判“自发资本主义势力”,强调野生药材集体投售,影响商业收购；农村饲养被当作“资本主义尾巴”割掉,兽用药械销售一落千丈。1968年,在毛泽东主席“把医疗卫生工作重点放到农村去”的指示发布后,农村供应工作有所进展。1969年,配合农村大队保健室的建立,上海市医药公司下伸批发网点,在公社医药商店建立四级批发,就地供应。1971年2月,商业部、卫生部下达《关于分配装备农村公社卫生院主要品种联合通知》,上海医药采购供应站作为全国农村装备器械重点供应单位,连续5年为全国范围54000多个75％的公社卫生院提供了大批装备器械,对医疗装备较差的县医院、防疫站、妇幼保健院等也相应提供了作补充和更新的医疗装备器械。在防治和消灭全国13省市血吸虫病运动中,上海积极支援供应血吸虫防治药物。至1979年,22年中上海先后调出酒石酸锑钾针剂1.66亿支,相当于1380多万人次的成人疗程用药,为全国范围内消灭血吸虫病作出了重大贡献。在邢台、甘孜、海城、唐山等历次地震灾害和其他重大洪水疫情灾害事故中,上海医药商业都及时负担调运供应大量急救用医疗物资,支援各地需要。仅一次唐山地震调出的急救药械,即达15个专机架次,16个铁路车皮,总重量达1200余吨。

1978年12月以后,实行改革开放，上海医药商业不断探索,完善医药商业经营管理办法,引入竞争机制,运用经济手段以求新的发展。1979年起,多渠道开放供应逐步推开,从以一级站为主的单一调拨供应渠道,发展改变为上海医药采购供应站、上海市医药公司、上海医药工业联合经销部联合经营体、生产厂分散对外等多条供应渠道。各级医药商业单位销货对象打破了一、二、三级的固定层次封闭式界限,发展成为对市外二、三级批发站和对医疗单位、畜牧兽医站、药房直接供应,医药商业取消了对本市工业包购包销规定,实现计划收购、订购和选购新的采购形式,并冲破行政区域限制,跨地区选购各地新产品、名牌产品,增强经营活力。1989年,上海市药材公司与全国28个省市自治区的药材公司、二级站、三级县公司、土产果品公司等建立购销联合关系。通过采取产销挂钩、价格补贴等措施,发展农商协作联系,签订农贸合同,在国家政策许可范围内发展中药材种植面积,提高药材收购的品种数量。80年代后期,上海与各地医药工业和医药商业经济联合的单位已达800至900家,有固定供销联营,一般的供销联合。用协议明确双方经济联合关系,规定供货方给销货方优先提供充分货源,优先发运商品,提供经济优惠条件,销货方择先向协议单位进货,向供货方提供市场,推销上海产品,扩大上海的销售额等等。

1990年,上海医药商业有市站司5家,中西药区公司21家,县公司9家；批发单位63家；零售店733家,其中市区中药店277家,西药房155家，郊县301家大多为中西药综合经营商店。

1990年,全市医药商业经营品种,计有1.8万多个品种规格,批售对象面向全国各省市医药商业的300多个二级批发部、800多个三级批发部和市内外上千家医疗单位、工矿企业,以及全市广大市民。1990年,全市商业系统收购总额17.6亿元,销售总额20.68亿元,分别为1953年的14.9倍和12.9倍。