1979年4月，上海市人民检察院设置法纪检察处。当时主要是结合处理群众来信来访、平反冤假错案，查处一些违纪案件。

1980年，上海法纪检察工作处于初创时期，以开辟案源为主要任务。上半年，各级检察院召开各类座谈会近百次，参加座谈会的有全市各局及所属公司、大厂等500余单位，用“请进来”的办法，了解各部门违纪情况，开辟案源。从第三季度开始，上海市人民检察院又接连召开业务会和片会，提出用“走出去”的办法，有选择地深入重点部位和部门了解情况，发现线索，扩大案源。在此基础上办好案件，打开工作局面。

1982～1984年，上海各级检察机关的主要力量投入严厉打击严重刑事犯罪和严厉打击严重经济犯罪(以下简称“刑打”、“经打”)斗争，法纪检察业务相对处于低潮阶段。上海市人民检察院为集中力量查处贪污、贿赂等经济犯罪案件，1983年4月将法纪检察处与经济检察处合并为自侦处。是年全市检察机关立案侦查的案件中，法纪案件仅占7%。1984年7月，上海市人民检察院召开全市自侦工作会议，提到法纪、经济检察机构合并后，法纪检察工作有所削弱。是年11月，上海市人民检察院撤销自侦处，法纪检察与经济检察又分开，独立成处。各区县人民检察院也相应将法纪检察与经济检察机构分开。12月，召开全市法纪检察工作会议，提出加强法纪检察的意见。

1985年1月，最高人民检察院召开全国法纪检察工作会议，下发《关于加强法纪检察工作的意见》，提出法纪检察服从于、服务于中国共产党的总目标、总任务的业务指导思想。明确法纪检察的基本任务是办理检察机关自侦案件中侵犯公民人身权利和民主权利案件、渎职案件和重大责任事故案件。特别要查处国家工作人员触犯刑律构成犯罪的大案要案，对大案要案不管保护层有多厚，关系网有多大，都要一查到底，决不手软。

1986年，上海检察机关贯彻最高人民检察院关于加强法纪检察工作的指示，提出在决不放松“刑打”、“经打”的同时，加强法纪检察工作。1987年又提出把法纪检察工作摆到重要位置上，“刑打”、“经打”、法纪一起上。至1989年，全市法纪检察立案数首次突破200件，达206件，其中重大、特大案件35件，占立案总数17%。

1990年，上海各级检察院根据年前最高人民检察院制定并向社会公布的法纪检察立案标准，组成专门班子，深入工厂、企业、机关、街道广泛宣传，并将《立案标准》翻印后分发基层。这一年立案侦查法纪案件255件。

1991年根据最高人民检察院的要求，集中主要力量查处玩忽职守、非法拘禁、徇私舞弊、刑讯逼供和重大责任事故五类案件，突出抓好大案要案。在立案侦查的法纪案件中，五类重点案件占77.2%。强调办案为经济建设服务，为社会安定服务，争取良好的社会效果。并加强政策研究，严格区分罪与非罪界限，区分依法执行公务中的一般违法行为与职务犯罪的界限，区分因一般经济合同纠纷造成的经济损失与玩忽职守造成的经济损失的界限，确保案件质量。

1993年4月，最高人民检察院在上海召开全国法纪检察工作会议。会议以强化法律监督为主题，提出严格执法、狠抓办案的方针。全国法纪检察工作会议，给上海法纪检察强大的推动力，普遍强化了制度建设，建立各种联系网络，拓宽案源渠道，1994年立案侦查数达到500件。

1995年，根据全国检察机关第三次侵权渎职案件侦查工作会议精神，在切实贯彻“严格执法，狠抓办案”的工作方针基础上，及时调整办案重点，拓宽视野，摸排线索，积极查办案件。在办案方式上，提出“督办、协办、易地办”三管齐下抓突破，一级帮一级的工作方法，充分发挥上海市人民检察院业务指导的优势与长处，与区县人民检察院第一线协同作战，切实增强办案力度。对于难度较大的案件，上海市人民检察院全力参与突破，对于区、县人民检察院已发现或掌握，但不便出面查处的案件，上海市人民检察院直接派人负责办理。立案侦查法纪案件保持了良好发展势头。

1979～1995年，上海各级检察机关法纪检察部门共立案侦查法纪案件3091件。