1978年以前，人防工程采取谁建谁管理的办法，没有统一的规章制度和专职管理机构。1980年，市人防办成立上海市人民防空工程管理公司（后更名为上海市民防工程管理处），各区、县人防办也相应建立工程管理所（站），并向街道、重点城镇派出工程管理员，从而形成对已建人防工程三级管理的体制。人防工程管理机构建立后，建章立制，加强对已建人防工程的维护管理和开发使用。1993年，市政府颁发了《上海市民防工程管理办法》，1997年，经修改后由市政府重新发布，把民防工程管理纳入法制轨道，使民防工程管理有章可循，有法可依。

上海市在不同的历史时期修建的人防工程，工程质量参差不齐。1969年发动群众修建的应急人防工程，遗留问题较多。有的工程结构质量差渗漏水严重，无法使用；有的工程缺少“三防”设施等，这些人防工程需要加固改造后，才能成为等级人防工程。市人防办于1979年布置了人防工程普查鉴定工作，对全市的人防工程进行普查，摸清底数，然后将工程建设的资料，分门别类，建立档案。1990年4月，市人防办又对全市人防工程进行定量与定性分析，将人防工程分成三类：开发利用、维持现状和待废弃，进行分类治理。截止1997年，加固改造建筑面积达328020平方米，口部处理706个，报废拆除2896个、建筑面积419390平方米。

平时将人防工程开发利用，为生产、生活服务，既可以使人防工程得到维护，又有利于解决城市在发展中缺少地面场地的困难。1978年以后，人防工程用作旅馆、商场、饮食店、文体娱乐活动场所、办公室（会议室）、医疗救护所、仓库、生产车间、种植养殖场等，对缓解上海城市吃饭难、住宿紧张局面起了一些作用。1987年7月8日，国家人防委授予上海市为“全国人防建设平战结合先进城市”称号。1993年以后，市民防办改变以往行政管理的办法，招商引资，对人防工程实行有偿投资，并对已建成的人防工程进行第二次投资，将人防工程改建成商场、餐饮店、娱乐场等，与市民的经济文化生产紧密联系。1981～1997年，全市人防工程利用率达61%；产值或营业额为288322万元，上交国家税金10508万元，利润或纯收入43053万元。