鸦片战争后，上海港逐步形成的码头装卸、库场堆存、船舶代理、客运服务、航道工程、筑港工程、船舶修造等企业分别由官僚资本、私营资本、外商资本经营。至上海解放前夕，经营码头和库场堆存的主要企业有：轮船招商局的第一至第九码头，私营资本经营的中华码头公司，外商资本经营的英商公和祥码头公司、英商太古轮船公司，美商上海码头堆栈公司等；从事港口航道工程的企业主要有浚浦局（因浚浦局负责岸线管理等职能，故已在机构章中介绍，本章略）；从事筑港工程的大多为私营小型建筑企业；从事船舶代理的企业是数十家在沪的外资轮船公司或外商洋行，如英商太古、怡和、保和洋行、瑞士商百利、丹麦商宝隆洋行、捷成洋行，瑞典商维昌洋行，法商邮船公司，挪威轮船公司等。外轮理货业务，则由码头公司理货部或少数私营理货专业公司经营。

上海解放后，中国人民解放军上海市军事管制委员会在接收国民政府在沪全部政府机构的同时，接收了官僚资本的港口企业。1951年，上海区港务管理局成立装卸作业区。1953年，上海外轮代理分公司成立。1953～1954年，原外商码头仓库企业因经营管理不善，亏损严重，负债过多而先后将企业全部转让给上海外轮代理分公司，不久移交给上海区港务管理局管理经营。1955年，私营码头仓库企业经过社会主义对私改造后成立了公私合营公司，实行赎买政策，逐步转变为国有企业。至1956年底，上海港港口生产经营企业（含码头装卸、客运服务、外轮理货等）全部成为国营企业，由上海港务局统一管理经营。与此同时，上海浚浦局先后改组为上海疏浚公司、上海河道工程局、交通部上海航道局；交通部航务工程局第三工程局由青岛迁来上海，先后改名为上海市筑港工程局、交通部第三航务工程局。两局在积极开拓工程业务的同时，在本市和江苏、浙江、福建等地相继建立了航道、筑港工程企业。

改革开放后，港口企业均有较大发展。港务局各装卸作业区、三航局和航道局各工程处均先后改组为装卸（港务）公司、工程公司和疏浚公司，成为二级企业法人单位；通过合资、合作，联营等形式，建立了一批港口代理、服务企业。交通部上海港口机械制造厂也成为全国最大的港机专业生产企业。至1992年底，港务局有主要装卸生产企业14个，三航局有主要筑港工程企业6个，航道局有主要航道工程企业4个。此外，上海港还有外轮代理、外轮理货、驳船运输、港机制造、船舶修造等各类服务企业多个。