上海港船舶检验始于清同治年间。同治六年（1867年）十一月，清政府总理衙门核改公布由海关总税务司赫德拟订的《华商购造船只章程》，通饬遵行。自此，江海关理船厅始有中国商人购置的火轮、夹板等船的挂号（登记）、检丈和船员注册等航政规定。当时的检验主要是丈量船舶吨位，作为征收船钞的依据。光绪二十四年（1898年），《江海关检验小火轮续订之验船师规条》制订，始有有关检验项目的规定。民国16～20年（1927～1931年），国民政府及其交通部先后公布了一批有关船舶检验的法规，初步形成了中国船舶检验的法规体系。民国20年7月，由交通部上海航政局接办江海关理船厅的船舶检丈、注册、登记等业务。民国25年，上海航政局开始办理“国际航海安全证书”，其中有关“货船无线电报安全证书”和“国际载重线证书”分别委托上海电信机关和外国船级社办理。

解放后，上海船检业务最初由上海港务监督船舶检验科主管。1962年9月，地方内河船舶的登记和检丈业务移交上海市交通运输局。1980年1月，中华人民共和国船舶检验局渔船分局上海检验处成立，上海港的渔船检验业务归该处办理。随着航运和造船业的发展，上海船检队伍不断壮大、业务相应扩展。50年代，相继开办新建内河拖船和江海轮船的检验。60年代，开始办理国际航行船舶人级检验和法定检验，并开始对船用产品实施检验。70年代，业务又扩展至海洋工程检验、船舶建造规范制订和修订工作。80年代，法定检验增加国际航行船舶防污染检验。在业务拓展中，上海船舶检验队伍成为在全国同行业中实力最强、业务门类最多，检测设施最为先进的骨干力量。