上海港航道管理始于近代开埠后。清同治元年（1862年），明确由港务长管理黄浦江航道测量和清除航道障碍物等事宜。同治七年起，由上海巡工司受海关海务处指定兼管上海港的航标、测图、沉船清除等业务。上海浚浦局成立后，航道管理工作由该局兼管。

解放后，上海航道管理和养护工作一直受到重视。尤其是1964年颁发的《国务院关于加强航道管理和养护工作的指示》，明确规定要设置航道管理机构及固定航道养护经费等，使上海航道管理逐步健全和完善。

1987年、1991年交通部相继颁布、调整《中华人民共和国航道管理条例实施细则》，上海航道管理开始走上法制化轨道。