上海地区港口的航政管理，有确切记载的，始于北宋政和三年（1113年），时有华亭市舶务管理外国商船进港事宜。南宋绍兴二年至乾道二年间（1132～1166年），又有提举两浙市舶司移驻华亭30余年。南宋末及元初，有上海市舶务主管上海港航政事务。清初设江海关，对外贸船舶进出港已有诸多规定。鸦片战争后，列强通过领事裁判权、外籍税务司、外籍港务长等，涉足或攫取上海港的海事处理权、进出口船舶引航权和指泊权，并制定港章，以法规形式保护列强的利益。民国17～19年（1928～1930年），先后有上海特别市政府设港务局、交通部设上海航政局，均未能收回航政管理权。

上海解放后，港口通过接管、改造、重组，形成在港务局统一领导下，由港务监督具体实施的航政管理体制，全面实施对引水、港内安全监督、船舶注册登记和签证、海事、船员、船舶检验、港口消防的管理，制订和完善航政管理规章制度，建立航行安全监督网，设置必要的水上交通指挥设施，发布航行通告，使上海港口航政管理从内容上、形式上、制度上、设施设备上都取得长足的进步。

1986年上海海上安全监督局成立后，加快了港口航政管理的现代化进程，以往的站、台、点、艇四点一线的传统性管理方式，逐步转向政策性和技术性的现代化管理。