鸦片战争前，港政管理处于萌芽状态，市舶机构及江海关均以航政管理为主，兼及港政。清道光二十三年（1843年）上海开埠后，随港口设施及规模不断扩大，港政管理渐成体系。19世纪五六十年代，港务长设立，港政管理的内容逐步增加，包括指泊、港口治安、管理码头建筑事务、管理沿浦岸线、防疫等。但在较长时期内，港政仍从属于航政。民国17年（1928年）和民国35年，先后成立过上海港务局和上海港务整理委员会，以求统一港政管理，但均未成功。

1950年7月，中央人民政府政务院财政经济委员会颁布“关于统一航务、港务的指示”，上海港政管理归属上海区港务管理。1951年8月～1986年，港政管理主要由港务局所属上海港务监督实施。1986年后，则由港务局港政处、港口专用码头管理处等部门执掌。