上海地区的河道浚治，相传始于楚考烈王十五年（公元前248年），春申君黄歇治理松江（吴淞江），导流入海。至隋唐，上海地区港口逐渐形成，当时吴淞江为上海地区最大通海河道。北宋以后，吴淞江日益淤浅，妨碍着船舶航行和港口的发展，故宋、元及明初，各个朝代都很重视吴淞江的浚治。

明永乐二年（1404年），户部尚书夏元吉奉旨赴苏州松江治水，征用10万民工疏浚吴淞江上游支流，再开大黄浦通范家浜至南跄口达海，形成了黄浦江的雏形。初时黄浦江宽仅30余丈（约100米），为吴淞江的支流。正德十六年（1521年），巡抚李允嗣率民工2万自夏驾浦渡江改入浦之道，废弃吴淞江下游故道（今上海虬江路一线），另掘宽宋家港70余里河道，引吴淞江至陆家嘴与黄浦江合流。吴淞江从此由主流而为黄浦江的支流。黄浦江经潮水的自然冲刷与人工浚治，江面渐宽，水深可容大船通行，并演变为长江入海口的第一条支流，为上海港的发展提供了良好的航道条件。

19世纪60年代后，进港轮船渐多，且船型不断增大，吃水增深，而黄浦江水情紊乱，有多处浅滩碍航。光绪九年（1883年），清政府迫于外国列强的压力，首次购买了1艘挖泥船“安定”号，在黄浦江下游出口处吴淞内沙试挖，开创了上海港航道机船施工的历史。

光绪三十一年，浚浦工程总局成立，黄浦江开始全面整治。光绪三十二年至民国11年（1922年），在黄浦江中下游实施的主要整治工程有：（1）建造吴淞导堤；（2）开挖高桥新航道，堵塞北水道（原轮船道），改用南水道（原帆船道）；（3）陈家嘴——周家嘴浦西段河面骤宽处筑弧形长堤，束窄江面，浦东凹岸加筑平行护岸堤；（4）在高昌庙一带浦东周家渡处筑深水丁坝3条（后增筑1条），护岸防坍；（5）截削陆家嘴弯道凸嘴，填陆家嘴深潭；（6）从高桥港至龙华嘴沿江筑坝护岸。这些工程，从根本上改善了黄浦江的通航条件。

民国11年以后，黄浦江以疏浚为主辅以部分整治增深航道，维持浚浦线宽度。疏浚挖起的河泥大部分用于吹填黄浦江两岸浅滩、洼地，改造低洼农田，社会效益显著。

新中国成立后，航道工程围绕建设和生产的需要而发展，先后增加了码头、泊位、锚地，系船浮筒等疏浚项目。20世纪70年代起，三年大建港，尤其是改革开放，促进了航道综合生产能力的提高，船舶设备得到更新；在黄浦江两岸建造了远距离排泥系统；开辟了长江口南、北槽－7.0米航道；施工领域不断向市外拓展，先后承接了东北、华东及华南沿海港区的大中型疏浚工程，基本满足了上海及沿海部分港口建港和运输生产需求；施工船队还先后在中东、南美、东南亚、西非等国及港澳地区承接航道工程，为祖国争得了荣誉。

为保证第三、第四代集装箱船自由进港，使上海港成为国际班轮密集、航运发达的国际航运中心，长江口航道整治于1992年被列为国家八五攻关项目，工程将于“九五”期间实施。