专门档案是社会各项专业活动中直接形成的纸质或非纸质的文件材料，它具有独特内容和特殊形式，其归档范围、整理方法、保管期限及管理原则也各有异处。清朝末年，上海地方当局开始对道契档案进行管理。尔后，上海租界当局开始引入指纹卡，并对指纹档案进行管理。民国期间，上海地方司法、行政当局开始对诉讼档案、会计档案、工商管理档案进行管理。中华人民共和国成立后，由于社会主义建设事业的飞速发展，各行业形成了门类众多、数量浩繁的专门档案。50～60年代，上海开始对诉讼、会计档案实行集中统一管理。80年代，上海普遍建立专门档案，采取档案部门与行业主管部门结合的方式，先后建立诉讼、会计、艺术、地名、婚姻、公证、书稿、水文、气象等多种专门档案。