机关档案是国家档案馆馆藏的重要组成部分。上海档案工作，是由机关档案工作率先建立而逐步发展起来的。上海解放初期，一个单位的党政档案分别管理。1955年开始，全市各级机关推行文书处理部门立卷制度。1956年开始，清理解放后的历年积存档案。1959年开始，全市各级机关贯彻《中共中央关于统一管理党、政档案工作的通知》，建立起党政档案统一管理的机构，统一档案工作的业务指导。“文化大革命”期间，机关档案工作处于停顿状态。
1979～1982年，各机关的档案工作通过3年恢复整顿，有较大的发展和提高。1988年起，全市机关档案工作围绕贯彻实施《中华人民共和国档案法》（简称《档案法》），开展机关档案室上等级活动，实行目标管理，提高档案综合管理能力，并主动开发档案信息资源，为机关领导决策服务，为各项工作服务。机关档案室还按国家规定，将具有永久、长期保存价值的档案，按时间向各级地方国家档案馆移交。
