古代，上海地区商旅交通往来，全赖内河客运。在清以前，上海的内河客运，其航船、航线、地点、价格由雇主、船户商定，且大多客货兼运，捎带旅客。清同治年间(1861～1874年)上海出现了定时、定点、定线的专业客运航班船。清光绪八年(1882年)，上海出现第一家经营内河长途客运的轮船企业。到民国26年(1937年)，上海内河轮船客运成为水路交通的最主要方式，其覆盖境内全部通航区域，辐射江、浙二省内河港埠。

民国26年8月13日，淞沪战争爆发后，上海陷于日伪魔掌。上海内河客运急剧衰变，境内外航线萎缩，客运轮船锐减，航班木船维持客运航线。抗日战争胜利后，上海内河客运有所复苏。

上海解放初，立即恢复了省市、市县、县际和县内的上海内河客运格局。20世纪50年代后，上海公路、铁路客运的发展，开始冲击内河客运，内河客运航线逐步减少、缩短。在公路、铁路客运的冲击下，上海内河客运的省市长途客运于80年代末消亡。继之，县际、县内的内河客运先后衰绝，三岛客运硕果仅存。中共十一届三中全会后，黄浦江、淀山湖风景区先后出现旅游客运。1990年，上海内河客运旅客吞吐量为647.8万人次。