1949年5月，上海解放后，九三学社上海分社即参加了上海地方人民政权的建设工作。九三社员参加了历届上海市的各级人民代表会议、人民政治协商会议，参与了两会的各项活动，参加由中共上海市委召开的“双月座谈会”、“民主协商会”、民主党派负责人谈心会和小型座谈会等各项协商活动，参与了有关上海市的大政方针和领导人选的协商，参与了有关方针、政策、法规的制定、执行，提出建议和意见，履行民主监督。九三学社有的社员还担任了政府和司法机关的领导职务，直接参加了国家政权机关的管理工作。

1989年12月，中共中央制定了《关于坚持和完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的意见》，使中国共产党领导的多党合作和政治协商这一基本政治制度进一步制度化、规范化和法律化。九三学社上海市委充分发挥自身优势和群体作用，在新的历史时期，以邓小平建设有中国特色社会主义理论为指导，紧紧围绕以经济建设为中心，坚持四项基本原则，坚持改革开放，组织和动员广大社员，就国家的大政方针和现代化建设中的重大问题，向中共和政府部门提出政策性建议，受到有关部门的重视，有些已被采纳。