建国后，上海手工业系统的组织机构从无到有，逐步建立健全起来。与其他工业系统不同的是，以集体所有制为主体的上海手工业除了接受由市手工业局行政管理外，还有按照章程自愿组织起来的领导机构——市手工业联社。两者实行两块牌子、一套机构。经过50年代的撤局归并至60年代初恢复手工业局建制，上海手工业系统的组织机构得以理顺。80年代，市二轻（手工业）局与市工业合作联社实行两块牌子、一套半机构（联社另设办公室、资产部和研究所）。作为经济团体的市手工业（工业）合作联社，按照国家的有关政策，对系统内的集体所有制企业的生产、经营、资财和改革、改组、改制等方面进行系统的指导和管理。