在上海境内的古文化遗址，迄1995年底已调查发现28处，并对其中12处进行了26次考古发掘。这些古文化遗址，除戚家墩为民国25年（1936年）发现的以外，都是1959年以后，配合开河挖渠，平整土地，以及其他建设工程，通过保护文物宣传，依靠群众提供线索，由市文物管理委员会考古工作者黄宣佩等人调查发现的。通过调查和发掘，不仅获得许多古史研究资料和珍贵文物，而且获得考古学上“崧泽文化”、“马桥文化”和“戚家墩类型”的命名，填补了上海的考古空白，生动地揭示先民们从事开发活动的历史景象，将上海的历史提早到6000年以前，是建国以来考古事业上取得的突出成就之一。

遗址的位置，分布上海的中西部（青浦县11处，松江县7处，金山县5处，闵行区2处，奉贤县2处，浦东新区1处），在距今四五千年前的古代海岸遗迹——冈身之上或其西侧，有的傍山，有的深埋于平地之下，有的在地田中形成一个高土墩，可证上海西部不仅由海变陆的年代较早，而且在远古时代处于沼泽地带的多水环境。

遗址包含的文化内涵，有以下几种类型：

一、马家浜文化：以首次发现于浙江嘉兴马家浜而命名，属于新石器时代，社会发展处于母系氏族阶段，距今年代约7100～5900年。上海发现的这类文化遗存有青浦县崧泽遗址下层；福泉山遗址西侧的文化层；以及金山县查山遗址东山坡下文化层等3处。

二、崧泽文化：以上海的青浦县崧泽遗址的中层文化为典型而命名，新石器时代，处于母系氏族向父系氏族过渡阶段，距今年代约为5900～5100年，上海发现的这类文化遗存有福泉山遗址下层等7处。

三、良渚文化：以首次发现于浙江余杭的良渚镇而命名，属于新石器时代晚期。处于父系氏族社会阶段，距今年代约为5100～4200年。上海发现的这类遗存有青浦县福泉山遗址的高台墓地1～3层等15处。

四、马桥文化：以上海的闵行区马桥遗址中层文化作为典型而命名，属于青铜时代，距今年代约为3800～3100年，大致与中原地区的夏商时代相当，上海发现这类文化遗存16处。

五、几何印纹陶亭林类型：以上海的金山县亭林遗址上层文化为典型而命名，属于西周时代吴越文化，上海共发现13处。

六、几何印纹陶戚家墩类型：以首次发现于上海的金山县戚家墩遗址而命名。属于春秋战国时代的吴越文化，上海共发现20处。

根据遗址的保存情况和研究价值，其中有崧泽、福泉山、马桥等14处遗址被列为上海市文物保护地点。