该所成立于1958年，属市卫生局领导的独立研究所。1980年经世界卫生组织确认为世界卫生组织癌症研究合作中心之一。1985年经国家科委批准，在生物化学及分子生物学研究室的基础上，成立癌基因及相关基因国家重点实验室。全所现有118人，科技人员106人，其中有中国工程院院士1人，正、副研究员27人。该所主要研究肿瘤流行病学规律，探索肿瘤的病因和发病机理，积极从事人基因组及基因诊断、基因治疗和免疫治疗等生物高技术研究，探索肿瘤防治新途径。“八五”和“九五”计划期间，承担了“八六三”高技术、攀登计划、攻关项目、自然科学基金等国家级项目，并与国内外著名单位联合进行多项合作研究。先后发表六百余篇学术论文，取得重要科研成果24项。1998年，国家自然科学基金重大项目，如人肝癌新基因的研究、人恶性胶质脑瘤及原发性肝癌的基因治疗等五个项目已经立项，还进行了多项科研课题的合作研究。用于基因治的GMP级中试研究基地已建成使用。历年来，该所已与二十多个国家和地区进行学术交流，聘请三位国外著名专家任研究室顾问。